SeedwaterSegmenter.

Um programa de python gráfico para segmentar interativamente pilhas de imagem de células em tecido com etiquetas de borda
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SeedwaterSegmenter. Classificação e resumo

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  • David N. Mashburn

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SeedwaterSegmenter. Descrição

SeedwaterSegmenter é uma ferramenta de python gráfica para segmentar interativamente pilhas de imagem de células em tecido com etiquetas de borda (também conhecidas aka. Deles brancas). As interações são inteiramente baseadas na edição de sementes, que por sua vez são expandidas por um algoritmo hidrográfico. A principal diferença entre SWS e outras ferramentas é que você pode colocar mais de uma semente por célula que pode ajudá-lo a ajustar os limites de células difíceis.sws é construído em cima de WxPython, Matplotlib, numpy, Scipy e Mahotas. , Ele usa um algoritmo hidrográfico rápido com raio (graças ao projeto Mahotas) e permite atualizações em tempo real. Tem um UI simples (se desordenado) e é totalmente interativo, incluindo 1-nível desfazer. A publicação sobre SWS que fornece todos esses detalhes e mais em Cytometry Part A: http: //onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002 /cyto.a.22034/AbstractSource Code é espelhado a quatro repositórios e para pypi: - GitHub: http://github.com/davidmashburn/seedwatersegmenter/- Bitbucket: http://bitbucket.org/davidmashburn/seedwatersegmenter- gitorious: http://gitorious.org/seedwaterSegmenter- Google Code: http://code.google.com/p/seedwater/- Pypi: http://pypi.python.org/pypi/seedwatersegmenterA página de código do Google também tem algum binário Lançamentos (http://code.google.com/p/seedwater/) que devem funcionar em janelas de 32 bits ou Linux de 64 bits, mas estes são agora antigos. Por favor, use o método "Easy_Install" agora.Para mais detalhes, consulte Instruções de instalação do Python 20xx.txt Você também pode querer ler o manual: Seedwater segmenter V XX Manual.TxtInstalling e RunningInstalling é finalmente fácil! De fato, você pode agora "Easy_install SeedwaterSegment "Instruções rápidas: Windows / Mac: Install Distribution Python http://www.shought.com/products/edudownload.phpubuntu/debian: sudo Apt-get Install Python-SetToToTools Python-WXTools Python-Numpy Python-Scipy Python- MatPlotlib Python-Imaging Python-Xlrd Python-Xlrd Uma janela CMD (deve ser executada como administrador no Windows Vista / 7) ou Terminal (Mac / Linux), executar: Easy_Install MAHOTAS CMPGEN EllipSeFitter FileNamesort GiffOlloader ImageContour SeedWaterSegmentDetailed Instruções: A versão mais recente é chamada: "Instruções de instalação de Python Agosto 2012.txt" https://github.com/davidmashburn/seedwatersegmenter/blob/master/python Instruções de instalação Agosto de 2012.txtproduct's Homepage


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