Química :: Reação Reações químicas explícitas
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Reações químicas explícitas A química :: Módulo de Reação, juntamente com Química :: Padrão, fornece uma implementação de reações químicas explícitas. Uma reação química explícita é uma representação da transformação que ocorre em uma determinada reação química. Em uma reacção química explícita, uma molécula de substrato é transformada em uma molécula de produtos, quebrando títulos existentes e criando novas ligações entre os átomos. A representação de uma reação química explícita é uma molécula em que a ordem de uma reação química é distinguida de a ordem do vínculo após a reação química. Assim, a ruptura de uma ligação existente é representada por um dos seguintes pares antes / depois: 3/2, 2/1, 1/0 (quebra de uma única ligação ou reduzir a ordem por um) 3/1, 2/0 (quebra de uma ligação dupla ou reduzir a ordem por dois) 3/0 (quebra de uma ligação tripla) A criação de uma nova ligação é representada por um dos seguintes pares antes / depois: 0/1, 1/2, 2 / 3 (criação de uma única ligação ou aumento de ordem por um) 0/2, 1/3 (criação de uma ligação dupla ou aumento de ordem por dois) 0/3 (criação de uma ligação tripla) Uma reação química explícita $ reage pode ser Aplicada ou reversa aplicada uma vez a uma molécula $ MOL no primeiro subgrafo de $ mol encontrado que é isomorfo ao substrato ou produto de $ reagem: meu substrato $ reage-> substrato; if ($ subst-> correspondência ($ mol)) {$ reagir-> encaminhar ($ mol, $ subst-> atom_map); } Além disso, uma reação de produtos químicos explícitos $ reage pode ser encaminhada ou reversa aplicada uma vez a uma molécula $ mol em cada subgrafo de $ mol que é isomorfo ao substrato ou produto de $ reage: meu substrato $ REACT-> meus @products; while ($ subst-> jogo ($ mol)) {my $ new_mol = $ mol-> clone; # comece de uma molécula fresca meu @Map = $ subst-> atom_map; # Traduzir mapa átomo para o clone my @m = map {$ new_mol-> by_id ($ _-> ID)} @map; $ reagir-> encaminhar ($ new_mol, @m); empurrar @products, $ new_mol; } Além disso, uma reação de produtos químicos explícitos $ reage pode ser encaminhada ou reversa aplicada o maior tempo possível de uma molécula $ MOL no primeiro subgrafo de $ mol encontrado que é isomorfo para o substrato ou produto de $ reage: meu substituto $ -> substrato; Enquanto ($ MUST-> Correspondência ($ mol)) {$ reage-> encaminhamento ($ mol, $ subst-> atom_map); } Sinopse Use Química :: Reação; Use Química :: Arquivo :: Sorrisos; Meu $ S = Química :: Padrão-> analisar ('c = cc = c.c = c', format => 'sorries'); Minha $ p = Química :: Padrão-> Analisar ('C1 = CCCCC1', Format => 'Smiles'); meu m; para (meus átomos $ i = 1; $ i; $ i ++) {$ m {$ s-> átomos ($ i)} = $ p-> átomos ($ i); } Minha $ R = Química :: Reação-> Novo ($ S, $ P, \% m); Requisitos: · Perl.

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