Química :: Midaspattern.

Selecione átomos em macromoléculas
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Química :: Midaspattern. Classificação e resumo

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  • Ivan Tubert-Brohman
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  • http://search.cpan.org/~itub/

Química :: Midaspattern. Tag


Química :: Midaspattern. Descrição

Selecione átomos em macromoléculas Química :: Midaspattern é um módulo Perl para selecionar Átomos em Macromolecules.Synopsis Use Química :: Midaspattern; Use Química :: Arquivo :: PDB; # Leia uma molécula Minha $ mol = Química :: Macromol-> Leia ("Test.pdb"); # Defina um padrão que corresponda aos carbonos alfa e beta # em todos os resíduos de valina Minha $ str = ': val @ ca, cb'; Meu $ Patt = Química :: Midaspattern-> Novo ($ str); # aplicar o padrão para a molécula $ patt-> jogo ($ mol); # extrair os resultados para o meu $ Atom ($ patt-> atom_map) {printf "% s% s ", $ Atom-> attr (" pdb / residue_name "), $ Atom-> Nome;} Printf" encontrado% D Átomos ", escalar ($ patt-> atom_map); este módulo implementa parcialmente um mecanismo de correspondência de padrão para selecionar átomos em macromoléculas usando padrões Midas / quimera. Veja http://www.cmpharm.csf.edu/~Troyer/troff2html/midas /Midas-uh-3.html#sh-3.html#sh-2.1 Para uma descrição detalhada desta linguagem. Este módulo compartilha a mesma interface como química :: padrão; para executar uma operação de correspondência de padrão em uma molécula, siga estas etapas.1) Crie um objeto padrão, analisando uma string. Vamos supor que o objeto padrão é armazenado em $ patt e que a molécula é $ mol.2) Execute o padrão na molécula chamando $ patt-> correspondência ($ mol) .3) se $ patt-> Corresponder () retorna true, extrai o "Mapa" que relaciona o padrão à molécula chamando $ PATT-> Atom_Map. Esses métodos retornam uma lista dos átomos na molécula que são correspondentes pelo padrão. Assim, $ Patt-> Atom_Map (1) seria análogo para a variável especial de $ 1 usada para correspondência regular de expresão. A diferença entre química :: padrão e perl regular ex As pressões são essas átomos são sempre capturadas e que cada atomo sempre usa um "slot". Requisitos: · Perl.


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