Química :: Arquivo :: PDB leitor de formato de arquivo de banco de dados de proteína / gravador
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Química :: Arquivo :: PDB Classificação e resumo

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leitor perl pdb. Leitor PDB. Escritor PDB. Banco de dados de proteína.

Química :: Arquivo :: PDB Descrição

Reader / gravador de formato de arquivo de banco de dados de proteína Química :: Arquivo :: PDB é um módulo Perl que lê e grava arquivos PDB. O formato de arquivo PDB é comumente usado para descrever proteínas, particularmente aqueles armazenados no banco de dados proteína (http://www.rcsb.org/pdb/). A versão atual deste módulo só lê os seguintes tipos de registros, ignorando todo o resto: ATOM HETATM EndMDL EndThis Module registra automaticamente o formato 'PDB' com química :: mol, para que os arquivos PDB possam ser identificados e lidos por química :: Mol- > Leia (). Para purpuses de autodetecção, ele assume que os arquivos terminam em .pdb ou ter uma correspondência de linha / ^ (Atom | hetatm) / são arquivos PDB.O leitor e gravador PDB é projetado para lidar com química :: Objetos de Macromol, mas também pode criar e usar química :: Mol Objetos, jogando algumas informações away.synopsis use química :: Arquivo :: PDB; # Leia um arquivo PDB Meu $ macro_mol = Química :: Macromol-> Leia ("MyFile.pdb"); # Escreva um arquivo PDB $ macro_mol-> escrever ("out.pdb"); # Leia todos os modelos em um arquivo multi-modelo Meus @mols = Química :: Macromol-> Leia ("Models.pdb"); # Leia um modelo de cada vez meu $ file = química :: macromol-> arquivo ("models.pdb"); $ file-> aberto; Enquanto (meu $ mol = $ file-> read_mol ($ file-> fh)) {# Faça algo com $ mol} requisitos: · Perl.

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