Prosat. Toolkit de anotação de resíduos de proteína
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Prosat. Classificação e resumo

Prosat. Tag

construtor Modelos sequência proteica Svm. Modelos SVM. resuos de aminoidos

Prosat. Descrição

Toolkit de anotação de resíduos de proteína O PROSAT é um conjunto de programas que permitem a construção de modelos baseados em SVM para anunciar resíduos de aminoácidos em seqüências de proteínas usando recursos fornecidos pelo usuário (como perfis psi-explosivos ou perfis psipred). Em particular, o Toolkit constrói recursos usando uma janela ao redor do resíduo e está equipado com uma função de kernel especializada (função de kernel exponencial de segunda ordem normalizada NSOE), juntamente com a função padrão do kernel SVM. * Prosat_learn é o programa para aprender modelos de classificação "n" versus-repouso, onde n são o possível número de anotações. Também pode aprender um suporte de regressão de vetor de suporte para prever um valor de ponto flutuante. * Prosat_predict é o programa para prever a anotação para cada resíduo a partir dos modelos construídos, e produzir um perfil de dimensão L XN, saída da pontuação de cada um dos modelos N One-versus-REST SVM para cada resíduo de aminoácidos e l é o comprimento da sequência de proteína. No caso de um modelo de regressão, n = 1 * prosat_eval é o programa para avaliar os vários parâmetros, como kernel, comprimentos de janelas e parâmetros de regularização. Prosat_eval executa automaticamente a validação e relata a classificação padrão e o desempenho de regressão. Por favor, use o script perl cv_script.pl para executar automaticamente a seleção de modelos e treinar a melhor classificação ou modelo de regressão para o problema.

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