Planejador RFLP. RFLP Planner é uma ferramenta que ajuda a planejar um experimento RFLP.
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Planejador RFLP. Classificação e resumo

Planejador RFLP. Tag

Finder. aplicação perl Restrição planejador RFLP. Enzimas de restrição enzimas.

Planejador RFLP. Descrição

O RFLP Planner é uma ferramenta que ajuda a planejar um experimento RFLP. O RFLP Planner é uma ferramenta que ajuda a planejar um experimento RFLP: encontra enzimas de restrição que cortam um conjunto de seqüências de DNA homólogo de diferentes maneiras e simula a imagem de eletroforese resultante. O programa ajuda você a encontrar as enzimas cruciais de restrição que caracterizam a população. Com a simulação de eletroforese é fácil escolher as enzimas de restrição que mostram o melhor polimorfismo no gel.an importante palavra-chave é biodiversidade.Aqui são algumas características principais do "Planner RFLP": · Simulação de Gelimages (PNG): Cada imagem de seqüência . Cada imagem com um marcador de peso molecular. Cada enzima de restrição uma slot. · A avaliação é feita com toda a base de dados enzima de restrição BioPerl, mas as enzimas desejadas também podem ser adicionadas (enzimename ou restrição ^ site) · isoshizomers não são usados para cálculos (aparecem nos fragmentos resultantes.txt) As sequências podem ser cortadas para o mesmo comprimento ou não, mas para o gelimage as sequências originais são usadas · As bandas de marcador de peso moleculares desejadas podem ser rotuladas · Opção para rotular imagens (com nome de seqüência) · Muitos formatos diferentes de entrada e saída são suportados (BioPerl) · Abuso do programa para cortar sequências primer de um monte de seqüências: 1. Em uma sequência de primer de corte de seqüência manual2. importar todas as seqüências (FASTA) 3. Escolha: trimm = 1, alinhado_format = 'FASTA' · Automatic Remove sequências de alinhamento ruins · Escolha a gama de enzimas de restrição pesquisadas (4, 6 ,. -BP cortador) · Seqüências de complemento reversas automáticas (não funciona para uma grande quantidade de SEQ; Se não funcionar com menos seqüências, o alinhamento de exoprt em FASTA, junte-se a todas as seqüências novamente, calcule os requisitos inteiros: · Perl · Bioperl · GD-Library · Termo :: AnsicolorWhat novo nesta versão: · Possibilidade de escolher a pasta de saída onde todos os arquivos serão armazenados · Se os arquivos de escrita falharem, mensagem em que mais eles serão armazenados · TextFile com fragmentos enzimáticos tem um bom timestamp "humaneiRable". · O arquivo de fragmentos de enzima é formatado agora usando espaços em vez de guias -> Isso facilita a Leia no editor de texto, mas mais difícil de informar as tabelas.

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