Pipeline Central Proteomics Um pipeline para a análise de dados proteômicos MS / MS
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Pipeline Central Proteomics Descrição

Um encanamento para a análise de dados proteômicos MS / MS Instalações de proteômica central Pipeline (CPFP) é um pipeline para a análise de dados proteômicos MS / MS, direcionados nas necessidades das instalações do núcleo de proteômica acadêmica. O pipeline usa vários mecanismos de pesquisa e as ferramentas TPP (TPP) trans proteeômicas para fornecer pesquisa, validação e quantificação fáceis e robusta de conjuntos de dados Proteomic LC-MS / MS.O cpfp atualmente suporta pesquisas com mascote (matriz), tandem (nativa e k-score) e OMSSA. Um único formulário permite a apresentação a todos os três programas, sem a necessidade de criar arquivos de parâmetros e reconciliar diferenças nas especificações de modificação, etc. O processamento é executado usando trabalhos em um cluster Gridengine, permitindo que o pipeline seja reduzido facilmente como o volume de dados para ser analisado aumentos. O ITRAEQ e a QUANTIDADE RELATÓRIO (SILAC / HEADY dimetil / ICAT) podem ser realizados dentro do pipeline.cpfp foi escrito na Universidade de Oxford, onde é ativamente desenvolvido e usado diariamente para apoiar as necessidades da principal instalação de Oxford. É lançado aqui como software de código aberto sob a licença do CDDL.

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