Peptide :: PubMed. peptídeo :: PubMed é um módulo Perl que pode extrair sequências peptídicas dos resumos do artigo da Medline.
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Peptide :: PubMed. Classificação e resumo

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Módulo Perl. extrair extrair sequências peptídicas Resumos do artigo da Medline. peptídeo

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Ptido :: PubMed é um módulo Perl que pode extrair sequências peptídicas do artigo MEDLINE resumos. Ptido :: PubMed é um módulo Perl que pode extrair sequências peptídicas de artigo MEDLINE abstracts.SYNOPSIS uso péptido :: PubMed; $ Parser = Peptídeo :: Pubmed-> novo; $ In = {PMID => q , Author => q , Jornal => q , título => Q , Abstract => Q , malha => Q , Química => q ,}; $ Parser-> parse_abstract ($ in); # Obter as sequências de péptido em 1 símbolos de letras (selecione todas as palavras onde o # combinados palavra / pontuação abstrata é limite acima: # WordAbstScore> = WordAbstScoreMin): @seqs = $ parser-> get_seqs; imprimir "@seqsn"; # imprime: 'RGD'EXAMPLES EYHHYNK # mesmos como acima, definir um limiar explicitamente: $ parser-> WordAbstScoreMin (0,4); @seqs = $ parser-> get_seqs; # Set baixo limiar para obter seqüências mais peptídeos (mas a um custo de obtenção # mais falsos positivos) $ parser-> WordAbstScoreMin (-1); @seqs = $ parser-> get_seqs; imprimir "@seqsn"; # Impressões: 'EYHHYNK RGD ACCCGTNA VEGFRI' # redefinição limiar de volta: $ parser-> WordAbstScoreMin (0,4); # Obter mais dados para o resumo: $ abst = $ parser-> get_abst; imprimir "$ abst -> {AbstScore} n"; # Pontuação abstrato, na impressão intervalo "$ abst -> {AbstMtext} n"; # Sumário com sequências marcadas: # 'Peptide sequências EYHHYNK e Arg-Gly-Asp, # mas não ACCCGTNA ou VEGFRI.' # Obter mais dados para as palavras, além de sequências de péptidos: @words = $ parser-> get_words; para minha US $ palavra (@words) {# combinado palavra / pontuação abstrato, na impressão intervalo "$ palavra -> {WordAbstScore} n"; # Palavra como encontrado em abstrato, por exemplo, 'Arg-Gli-Asp,' print "$ palavra -> {WordOrig} n"; # Sequência do péptido em 1 símbolos das letras, por exemplo, 'RGD' imprimir "$ palavra -> {WordSequence} n"; } # Não há campos de entrada obrigatórios. Isso vai funcionar também, mas pode dar pontuação mais baixa. $ = {Em Abstract => q, }; $ Parser-> parse_abstract ($ in); @words = $ parser-> get_words; # Sem sequências de péptidos encontram-se em vazio de entrada: $ em = undef; $ Parser-> parse_abstract ($ in); @words = $ parser-> get_words; Requisitos: · Perl.

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