Neobio. O projeto Neobio consiste em algoritmos de bioinformática em Java.
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Neobio. Classificação e resumo

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algoritmos biologia algoritmos de biologia. Algoritmos de alinhamento programaçao dinamica Neobio.

Neobio. Descrição

O projeto NeoBio consiste em algoritmos de bioinformática em Java. O projeto NeoBio consiste em algoritmos de bioinformática em Java.Que algoritmos? A versão atual consiste principalmente de algoritmos de alinhamento de seqüência (parewise), como os métodos de programação dinâmica clássica de Needleman e Wunsch (Alinhamento Global) e Smith e Waterman (Alinhamento local). Sim, uma abordagem mais eficiente, devido a Crochemore, Landau e Ziv-Ukelson também está disponível. Ele usa a compactação Lempel-Ziv para acelerar o cálculo da matriz de programação dinâmica. Também depende do algoritmo Smawk, devido a Aggarwal et al., Que calcula toda a coluna Maxima de uma matriz totalmente monótona no tempo linear.hum ... e todos os algoritmos de alinhamento de seqüência suportam esquemas de pontuação simples, bem como matrizes de substituição, como padrão Matrizes Blosum e Pam. Mas até agora eles suportam apenas funções de penalidade de lacuna constante. Versões futuras podem conter algoritmos relacionados, como vários alinhamentos de sequência, pesquisa de banco de dados e predição de estrutura de proteína ... Última mas não menos importante, mas o NeoBio também fornece uma simples ferramentas de GUI e linha de comando para executar os algoritmos de alinhamento de seqüência em seqüências de DNA e proteína .

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