Nebgbhist. Histórias de anotação de arquivos Genbank.
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Históricos de anotação de arquivos Genbank. Nebgbhist contém ferramentas para construir históricos de anotação de vários arquivos genbank.example: $ mkdir gbhist $ Neb-Rev-fetch -d gbhist nc_008512 $ Neb-GBHist -d GBHist | neb-diff-aplica nc_008512.git $ git --git-dir = nc_008512.git gc --ggressive $ NB-validate-history -p nc_008512.git -g gbHist / 2009-04-29-04-04.gbkplaying com Filesif Você clone o repositório do pacote após a construção você pode cutucar ao redor no conteúdo do sistema de arquivos. Para genomas maiores com muitas edições, isso pode executar a forma de limites de entrada de diretório até que eu reescreva o armazenamento de objetos. Para o exemplo de carsonella (nc_008512) eu uso lá não há um problema. $ Git clone nc_008512.git $ CD NC_008512 $ ls -1accession DBLink Palavras-chave Objectos / SEQ / VersionFactorment Locus Ref / SourceFiles no diretório raiz representam as palavras-chave definidas no Arquivo genbank. Os subdiretórios Ref e SEQ contêm informações sobre referências e os hashes de seqüência. O diretório de objetos lista os recursos do histórico. Os arquivos de arquivos / conhecidos e objetos / vivos são dicionários de hashes que apontam para a versão atual de um recurso em um determinado local. Recursos ativos são qualquer coisa que não seja excluída ou substituída por uma nova versão.developer commentsi recomenda que você trabalhe com objetos Nebpack.pack se quiser realmente fazer qualquer coisa com os objetos. Requisitos: · Pitão

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