Murka. Software para trabalhar com redes medianas e árvores de steiner de alinhamentos de sequências biológicas.
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Murka. Classificação e resumo

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Murka. Descrição

Software para trabalhar com redes medianas e árvores de steiner de alinhamentos de seqüências biológicas. A Murka é um software livre para inferir filogenias parsimonistas (isto é, árvores de custo mínimo) de alinhamentos de seqüências biológicas. A teoria por trás deste software é uma combinação de duas abordagens algorítmicas: construir redes medianas (introduzidas no início dos anos 80 na álgebra e mais tarde parecia ser muito útil em filogenética) e extraindo árvores steiner de gráficos. A vantagem dessa combinação é quase completa cobertura dos custos mínimos de um alinhamento de origem e toleram o desempenho para muitos casos dificilmente para serem resolvidos completamente por métodos clássicos, particularmente aqueles que trabalham com topologias. Além de algoritmos exatos, os métodos heurísticos também estão disponíveis. Murka não é o primeiro programa neste campo. Há pelo menos dois pacotes de software disponíveis publicamente e gratuitamente direcionados a trabalhar com redes medianas. É rede de engenharia de Fluxus e Spectronet AWC. Murka parece ser o primeiro programa OpenSource que vem sem limitações de direitos autorais e distribuído sob LGPL. A Murka inclui um solucionador de problemas de steiner de desempenho fraco, no entanto, é capaz de resolver a maior parte do tamanho médio (de bordas 2K-3K) Steinlib em tempo razoável. Os formatos de arquivo de entrada e saída são compatíveis com os usados pela rede Fluxus. O Steiner Solver funciona com arquivos STP. Para visualização de redes resultantes, escolhemos o formato .dot do software GraphViz. Murka é um software de linha de comando em plataformas Linux e Windows. Atualmente, duas plataformas de Gardware são suportadas: X86 (IS-32) e IA-64 (ITANIUM2).

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