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Módulo Perl. Visualizar Veja o espectro de massa Espectro hipotético hipotético

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MASSPEC :: ViewSpectrum :: RealVShyPpeptide é um módulo Perl para visualizar um espectro de massa real no mesmo gráfico. MASSPEC :: ViewSpectrum :: RealVShyPeptide é um módulo Perl para ver um espectro de massa real no mesmo gráfico que um espectro hipotético gerado por fragmentação de um peptídeo em silico.synopsis Use MassEpec :: ViewSpectrum :: RealVshyPeptide; gráfico aberto, "> mygraphic.png" ou morrer "incapaz de abrir a saída de saída"; gráfico de binmode; meus @masses = (78.1,81.1,81.7,85.4,86.8,88.8,89.4,97.6,99.0,99.4,108.7,112.1,129.1, 130.1,132.1,147.7,157.1,158.1,159.1,169.1,171.1,175.1,187.1 , 229.1.246.2.258.1, 266.0.327.2.32.2.345.2.415.2.426.2.432.531.559.3623.4,639.3643.3644.4, 645.0.647.5.686.4687.4689.4); Minhas @Inintenities = (8.7.7.7.3.10.5.7.7.38,6,2,9.1,7.3,29.0,12.6.38,8.0, 7.7,11.9.9.5.131.0,9.4 , 50.3.22.7.44.7.16.8.30.4.18,2.1.1.25.5, 15.7.7.7.1.7.7.7.1.14.4.46.8.14.4.46.8.4.4.46.8.4.4.46.8.4.4.4.3,11.5.4.4.3,11.5.8.7.3,11.5.8.7.3,11.5.8.4.3,11.5.8.4.3,11.5.4.4.3,11.5.8.7.3); meu péptido $ = "rtsvar"; Meu $ vs = Massspec :: ViewSpectrum :: RealVShyPpeptide-> Novo ($ peptídeo, @ massas, @ intensidades); $ vs-> Set (Yaxismultiplier => 1.8); # Um ajuste de amostra para ajustar a saída $ vs-> set (title => "BSA-689 -". $ peptídeo); Meu $ Output = $ vs-> plot (); Imprimir gráfico $ saída; Gráfico próximo; Massspec :: ViewSpectrum :: RealVshyPpeptídeo - Ver um espectro de massa real no mesmo gráfico que um espectro hipotético gerado por fragmentação de um peptídeo em silico. O fragmentião do silico é realizado gerando todos os possíveis peptídeos que contêm os aminoácidos amino-terminal ou carboxil-terminal. Os valores de intensidade de pico negativos são permitidos; Isso permite o desenho de "pseudofectra" que, por exemplo, ilustram os picos presentes em um espectro, mas ausente em outro. Observe que esses picos negativos não têm intensidades verdadeiras, mas em alguns casos, atribuímos diferentes alturas para ilustrar as diferenças entre diferentes picos hipotéticos. Além disso, a pseudocolorização de picos positivos e negativos é realizada para ilustrar o tipo de íon que o pico representa. Em alguns casos, esses íons são rotulados explicitamente, embora na prática seja melhor minimizar essa rotulagem para evitar uma desordem excessiva. Requisitos: · Perl.

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