Epos estimativa de filogenias de espécies.
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Epos Classificação e resumo

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estrutura modular Framework de software Análise filogenética visualização filogenética. filogenético

Epos Descrição

Estimativa de filogenias de espécies. A EPOS é uma estrutura de software modular para análise e visualização filogenética. O software filogenético existente pode ser dividido em dois grupos. Pacotes algorítmicos que fornecem métodos computacionais para um problema específico e ferramentas de visualização para analisar os resultados. Muitas ferramentas algorítmicas faltam na usabilidade, como costumam ser baseadas em linha de comando, enquanto as visualizações, muitas vezes sofrem de interfaces de usuário gráficos pobres.EPOS preenche essa lacuna combinando uma poderosa interface gráfica do usuário com um sistema de plug-in, que permite a integração simples de novos algoritmos, visualizações e estruturas de dados. Uma interface consistente é usada para gerenciar dados ou para iniciar os métodos computacionais disponíveis, desconectar o fluxo de trabalho dos dados ou métodos aplicados.Currentemente, o EPOS fornece algoritmos para a reconstrução da árvore baseada na distância, distâncias de árvores, árvores de consenso e métodos de supertree. Todos os métodos são integrados em um sistema de pipeline que permite combinações de métodos executados sequencialmente, onde o fluxo de dados é tratado automaticamente pelo sistema. Uma visão de árvore abrangente está incluída nos EPOS. Ele oferece diferentes layouts, coloração, anotação e funções de exportação e é capaz de render suavemente as árvores até algumas mil folhas. As visualizações são parte do sistema modular, eles podem ser estendidos em qualquer direção e novos módulos de visualização podem ser integrados digamos, redes filogenéticas. Para simplificar o manuseio de dados, a EPOS permite que o usuário crie um espaço de trabalho persistente que contenha todos os conjuntos de dados usados. Os dados dentro do espaço de trabalho são persistentemente armazenados em um módulo de back-end transparente e extensível. O que há de novo nesta versão: · A versão não contém novos recursos, mas corrige alguns dos bugs mais anoying, incluindo os "Não use espaços no seu caminho de instalação".

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