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Análise funcional da proteína por enriquecimento e depleção de variantes
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  • Licença:
  • BSD License
  • Nome do editor:
  • Douglas M. Fowler
  • Site do editor:
  • http://depts.washington.edu/

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Análise funcional de proteína por enriquecimento e depleção de variantes O enriquecer é uma ferramenta Python para analisar os dados de alta taxa de transferência de um par de bibliotecas não selecionadas e selecionadas para criar estimativas de aptidão para variantes de proteína ou DNA em cada biblioteca.enrich (análise funcional proteína por enriquecimento e depleção de variantes) é um pipeline de análise para uso Dados de sequenciamento de rendimento elevado para avaliar relações de função de sequência de proteína. Enriquete leva arquivos FastQ como entrada, traduzindo e identificando sequências de proteína exclusivas e cálculo dos rácios de enriquecimento entre bibliotecas para cada sequência. O enriquecer pode ser executado a partir da linha de comando ou em um modo interativo e é capaz de usar dados de leitura de extremidade pareada. Cada etapa do pipeline pode ser executada separadamente ou toda a sequência de etapas pode ser executada consecutivamente. Enriquecer emprega drmaa paralelizar tarefas demoradas. Para uma descrição da entrada, função e saída de enriquecimento, consulte as seguintes publicações: mapeamento de alta resolução de relações de função de seqüência de proteína. Fowler DM, Araya Cl, Fleishman SJ, Kellogg Eh, Stephany JJ, Baker D, Campos S. NAT Métodos. 2010 SEP; 7 (9): 741-6. EPUB 2010 Ago 15. Varredura de mutacional profunda: avaliando a função de proteína em uma escala maciça. Araya Cl, Fowler DM. Tendências biotechnol. 20119 de maio. Análise funcional da proteína por enriquecimento e depleção de variantes (enriquecas). Fowler DM, Araya CL, Campos S. Manuscrito em Preparação (Email D. Fowler para uma cópia) .DocumentationRead O documentationInstallationEnrich é instalado usando o módulo Easy_Install que faz parte de setuptools. Por favor, veja a documentação para obter instruções sobre como usar Easy_Install para instalar enriquecas. Requisitos: · Pitão


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