Emana EMAN é uma suíte de ferramentas de processamento de imagem científica voltadas principalmente na comunidade de microscopia eletrônica de transmissão.
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imagem em processamento processamento de imagem moléculas de nanoescala. EMAN

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Eman é uma suíte de ferramentas de processamento de imagem científica destinadas principalmente na comunidade de microscopia eletrônica de transmissão. Eman é uma suíte de ferramentas de processamento de imagem científica destinadas principalmente na comunidade de microscopia eletrônica de transmissão, embora esteja começando a ser usado em outros campos também. Ele tem um foco particular em executar uma tarefa conhecida como reconstrução de partículas únicas.Neste método, imagens de moléculas de nanoescala e conjuntos moleculares incorporados em gelo vítreo (vítreo) são coletados em um microscópio eletrônico de transmissão, então processado usando EMAN para produzir 3 -D Recostruction em resoluções agora se aproximando da resolução atômica. Para estruturas de baixa resolução (~ 2 nm), isso pode exigir ~ 8 horas de processamento de computador e algumas mil partículas. Para estruturas voltadas a 0,5 Nm ou melhor resolução, centenas de milhares de partículas e centenas de milhares de horas de CPU ( em grandes clusters computacionais) podem ser necessários. De fato, a EMAN é frequentemente usada em instalações de supercomputação como um aplicativo de teste para computação em larga escala. O processamento de imagem científica é distinguido do processamento típico de imagens do 'Photoshop', pois é analitical de natureza. As imagens processadas em Eman são imagens de greyscale de ponto flutuante. Ou seja, os valores de pixel nas imagens são representados como números reais, não como inteiros pequenos (imagens gif / jpg / png típicas são limitadas a valores integrais de 0-255 para cada pixel) .Processing geralmente inclui operações complexas de processamento de imagem em Fourier ou espaço de wavelet. Eman foi lançado pela primeira vez em 1999 e tem estado sob desenvolvimento contínuo desde então. Consiste em uma biblioteca de C ++ de centenas de diferentes algoritmos de processamento de imagem / volume com ligações para a popular linguagem de scripts python. No novo desenvolvimento Eman, todos os programas de nível de usuário (dos quais existem mais de 200 em Eman 1.8) são desenvolvidos em Python, permitindo que o usuário final qualificada faça modificações sem ter que baixar ou compilar qualquer código fonte C ++. Nesta versão: · Melhorias substanciais foram feitas em Refine2D.py. · Usando Refine2D.py em todos os novos conjuntos de dados é fortemente sugerido. · Alguns programas usam o estilo Eman2 de Argumentos, ou seja, "Programa --option = Value" , em vez do estilo antigo, "programa opção = valor". · Existe um novo formato HDF5 compatível com o EMAN2. · Novos programas de ars foram adicionados, como "esqueleto". · Novas opções foram adicionadas para fazer o trabalho de refinamento Melhor em grandes objetos icosédricos. · A infraestrutura do paralelismo foi melhorada, embora possam problemas relacionados à rede ainda. · Geração de modelo aleatória em MakeinitialModel.py foi corrigido.

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