Dawgpaws. Um conjunto de programas de linha de comando escrito em Perl que acelera a anotação de genes e elementos transponíveis em genomas de plantas
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Dawgpaws. Classificação e resumo

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Dawgpaws. Descrição

Um conjunto de programas de linha de comando escrito em Perl que acelera a anotação de genes e elementos transponíveis em genomas de plantas Os scripts no Dawgpaws Suite são projetados para facilitar a alta geração de resultados computacionais para ambos GenedAwGPaws é um conjunto de scripts escritos em Perl que estão desgastados para ajudar um grupo de trabalho anotacional distribuído (DAWG) na anotação de seqüência de contigs de tamanho do BAC. Como este conjunto de software foi inicialmente escrito para anotar bacacos de trigo aleatoriamente amostrados, é referido como um pipeline para anular seqüências de trigo (patas). Embora estes programas fossem inicialmente projetados para o trigo, os scripts podem ser aplicados a quase qualquer pipeline de anulação de sequência eucariótica. Os scripts na suíte dawgpaws são projetados para facilitar a alta geração de resultados computacionais para anotação de genes e anotação de elementos transponíveis usando um número de Programas de anotação de sequência existentes. Esses resultados são convertidos da saída nativa dos programas de anotações individuais para o formato de arquivo GFF padrão. Como um arquivo GFF é um arquivo simples de texto delmited, vários resultados computacionais para uma única sequência podem ser facilmente concatenados juntos usando ferramentas de maninpulação de texto padrão, como gato; Prova de que gatos e dawgs podem jogar bem juntos. DAWGPAWS fornece ferramentas adicionais para facilitar o uso da ferramenta de curadoria de anotação do Genoma Apollo para visualização e curação dos resultados computacionais.Usage of dawgpaws é através de uma série de programas de linha de comando. Uma interface de linha de comando foi escolhida, uma vez que esses programas geralmente serão executados remotamente em altas máquinas de pré-valor executando alguma versão do sistema operacional Unix / Linux. Como uma linha de comando Inteface foi escrita para todos os programas, nenhum conhecimento especial de Perl é necessário para usar este suíte. No entanto, como alguns scripts perl dependem de módulos perl externos, um conhecimento de trabalho de Perl será útil ao instalar dawgpaws.how para citar o manuscrito dawgpawsa foi submetido descrevendo o programa Dawgpaws. Até que este manuscrito seja publicado, consulte o site da Dawgpaws SourceForge ao descrever seu uso deste programa.JC Estill e JL Bennetzen. 2009. O pipeline dawgpaws para a anotação de genes e elementos transponíveis em genomas de plantas. Programas de anotaçãoDawGPaws inclui scripts para trabalhar com evidências computacionais dos seguintes programas autônomos e web sites. Você pode obter informações para os seguintes programas clicando no nome do programa de anotação e você pode obter a documentação para o script dowgpaws, clicando no nome do script. Para obter informações completas sobre como instalar e usar esses programas, consulte o manual dowgpaws.Estes programas de anotação não estão incluídos no programa DAWGPAWS e devem ser instalados separadamente. Aqui estão algumas características principais de "Dawgpaws": · Manipulação de arquivos FASTA para preparar seqüências para o pipeline de anotação · Anotação de lacunas nos conjuntos de seqüência · Execução de programas de anotação de anotação do AB initio gene e programas de anotação transponíveis em um pipeline de alta taxa de transferência · Pipeline de explosão adequado para uso em uma estrutura de computação de cluster · Conversão de saída do software de anotação para o formato de arquivo GFF comum · Conversão de arquivos GFF para o formato Game.xml Ajuda está disponível em todos os programas de linha de comando usando sinalizadores de linha de comando. Ajuda Informações e arquivos manuais completos ainda estão em desenvolvimento para alguns programas. Para acessar a ajuda onde o progname é o nome do programa individual: · Progname --usage. · Gere uma mensagem básica de uso com informações sobre os argumentos necessários · Progname - Help. · Gerar uma mensagem de ajuda mais extensa que inclua argumentos necessários e todas as opções · Progname --man. · Visualizar o manual completo para o programa · Páginas manuais para os programas individuais estão disponíveis no site dawgpaws e estão incluindo no download da LIBETA-1.0 do Suite Dawgpaws. Requisitos: · Perl.

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