DEGRAUS motor estocástico para simulação de caminho
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Motor estocástico para simulação de caminho As etapas são um pacote para simulação estocástica exata de sistemas de difusão de reação em geometrias 3D arbitrariamente complexas. Nosso núcleo de algoritmo de simulação é uma implementação da SSA de Gillespie, estendida para lidar com a difusão de moléculas sobre os elementos de uma malha tetraédrica 3D.Enquanto foi desenvolvido para simular modelos detalhados de vias de sinalização neuronal em dendritos e em torno de sinapses, é um ferramenta e pode ser usado para estudar qualquer via bioquímica em que gradientes espaciais e morfologia são pensados para desempenhar um papel.Nós implementamos etapas como um conjunto de módulos Python, que significa que os usuários podem usar scripts Python para controlar todos os aspectos da Modelo, gerando uma malha, controlando a simulação e gerando e analisando a saída. As principais rotinas computacionais ainda são implementadas como módulos de extensão C / C ++ para velocidade máxima de execução.Steps é distribuído sob a licença GPL V3. Requisitos: · Pitão

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