 | Cynote.caderno de laboratório cibernético para biólogos e bioinformaticistas |
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Cynote. Classificação e resumo
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Cynote. Descrição
Caderno de laboratório cibernético para biólogos e bioinformaticistas O Cynote é um notebook de laboratório usando o sistema de controle de versão para backups e estampagem de data e hora independente (que pode ser uma forma de notação), a fim de garantir a responsabilidade do registro e auditoria. O projeto de pesquisa hoje foi enchido com numerosos documentos digitais nos formulários de imagens e e-mails de discussão para citar alguns. Não é incomum encontrar centenas de documentos digitais relativos ao trabalho de pesquisa dentro de um mês de pesquisa biológica ativa e gerenciamento desses dados geram um novo conjunto de problemas para os biólogos: * Os dados gerados podem ser muito volumosos para imprimir (como no caso de Resultados de microarray) * Múltiplos, imagens semelhantes que podem ser difíceis de acompanhar (muitas vezes referência cruzada a condições experimentais reais escritas nos notebooks físicos) * Dados multimídia, como vídeos, microscopia de tempo, são impossíveis de imprimir. * Autenticidade de Dados digitais para arquivamentos de propriedade intelectual. * Problemas de gerenciamento de dados de usos ad hoc de bancos de dados externos, como o PubMed. Atualmente, não há meios e práticas padrão para manutenção de registros de pesquisa eletrônica; Assim, muitas políticas institucionais ainda exigem documentos digitais cruciais (imagens, e-mails, etc) a serem impressas, afixadas em notebooks físicos, datadas e contra-assinadas (testemunhando as entradas de uma pessoa independente). A principal razão é que "os arquivos de computador não fornecem evidências suficientes de invenção. A razão para ter registros de invenção, como um notebook, é capaz de provar a data anterior da invenção. Como os registros de computadores podem ser atualizados e alterados à vontade, e As datas estão sujeitas a adulterações, elas não podem servir como evidência de que seu conteúdo foi criado em um determinado momento. Com um caderno limitado, é claro que o trabalho ocorreu em uma sequência específica e foi testemunhada por outros. Além disso, os experimentos científicos podem ser conduzido na tinta e papel em um notebook para provar sua idade. " (Adaptado da Escola de Engenharia e Ciência, Instituto de Tecnologia da Stevens) No entanto, isso não é infalível, pois a perda de notebooks físicos através de roubo e eliminação não é inédito. Também deve ser notado que alguns fatores podem reduzir o valor ou credibilidade do seu valor ou credibilidade Notebook de laboratório: * Entradas ilegíveis são totalmente inúteis; * As páginas não assinadas ou sem data são quase totalmente inúteis; * páginas notebook que não foram testemunhadas são quase tão ruins quanto as páginas não assinadas e desatadas; * Um longo atraso entre a assinatura da página da página Inventor e a testemunha levanta questões; * Páginas de notebook consecutivas que não são datadas em ordem cronológica levantam questões; * As páginas de notebooks ausentes levantam questões; * Erasures e exclusões levantam perguntas - em vez disso, quaisquer erros descobertos mais tarde devem ser corrigidos e explicados no próximo Página em branco disponível, referenciando a página com o erro. O Cynote tem como objetivo ser um sistema de gerenciamento de registros de pesquisa eletrônica que esteja em conformidade com os padrões de manutenção de registros de notebooks físicos com base em 3 princípios: 1. Os notebooks podem ser configurados para criptografia e backup de rotina em data centers protegidos (como Amazon S3) 2. A carimbo de data de data de notebooks é executada por sistemas remotos (carimbo de data de data imediato após o upload) 3. Edições de página são geralmente não permitidas. No entanto, se as edições de página forem feitas com força, ela será rastreada e a data-temporizada, usando sistemas de gerenciamento de código-fonte (como Subversion) ao mesmo tempo, as ferramentas de pesquisa podem ser desenvolvidas como plugins em cito e registros podem ser rastreados imediatamente; Assim, economizando o esforço na transposição de dados entre os sistemas.Developer comenta meu caso, estou desenvolvendo Cynote como uma ferramenta de ensino para minhas classes de bioinformatics, onde eu posso incorporar algumas funções comuns de bioinformática e análise de dados nele, bem como uma ferramenta de gerenciamento de dados laboratoriais para mim e aos meus alunos. Requisitos: · Pitão O que há de novo nesta versão: · Método para agilizar a atualização do cynote e o web2py subjacente · Registro para criação de novos notebooks, entradas e comentários
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