Codonw. CODONW é um programa projetado para simplificar a análise multivariada (análise de correspondência) do uso de códon e aminoácidos.
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Codonw. Classificação e resumo

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ácido códon análise multivariada Análise de correspondência Uso ácido amino.

Codonw. Descrição

O CODONW é um programa projetado para simplificar a análise multivariada (análise de correspondência) do uso de códon e aminoácidos. O CODONW é um programa projetado para simplificar a análise multivariada (análise de correspondência) do uso de códon e aminoácidos. Também calcula os índices padrão do uso do códon. Ele tem menu e interfaces de linha de comando. O projeto Codonw foi escrito por John Peden no laboratório de Paul Sharp, Departamento de Genética, Universidade de Nottingham. John está trabalhando na genética humana e está atualmente empregado como gerente de banco de dados Procardis no WTCHG na Universidade Oxford.Aqui são algumas principais características de "codonw": · Escrito em ANSI Compliatória C · Driven · Extenso número de opções de linha de comando · Código genético Independente · Não há limites em 1. Número de seqüências 2. Comprimento da sequência · Calcula os índices de uso do códon1. CAI: Índice de adaptação do códon2. FOP: Frequência de codões ótimos3. NC: Número efetivo de codons4. CBI: índice de códon bias · Calcula os índices de aminoácidos1. Pontuação do Gravy2. Aromática · Calcula a análise de correspondência de 1. Uso do códon2. RSCU (uso relativo de códon sinônimo relativo) 3. Uso de aminoácidos · Análise de correspondência 1. Pode incluir / excluir códons / aminoácidos2. pode gerar relatórios detalhados das tendências3. tentativas de identificar codões ótimos automaticamente4. Pode permitir que conjuntos de dados adicionais sejam adicionados 5. Registros qualquer número de tendências · Calcula os parâmetros do gene1. Comprimento do gene2. Posição GC, GC3S e Codon específica G + C 3. Composição Dinucleotide (em todos os três quadros de códon) 4. Uso de aminoácidos5. Uso relativo de aminoácidos relativos6. Uso de códon7. Uso relativo de códon sinônimo único · pode traduz conceitualmente sequências à proteína · Reformats sequence dados · Saída humana ou legível por máquina · Pode concatenar genes (enquanto preservando o quadro de leitura) para calcular1. Uso geral do códon2. GC Content3. Composição de Dinucleotide · Gera tabelas de códon, aminoácido ou uso de rscu · Pode até ajudá-lo a aprender o código genético. · E mais

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