Chromossoma :: Mapa. Gere imagens GD de mapas cromossomos
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Chromossoma :: Mapa. Classificação e resumo

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Módulo Perl. gerador Mapas. Imagens GD Mapas de cromossomo cromossoma

Chromossoma :: Mapa. Descrição

Gerar imagens GD de mapas de cromossomos Chromosome :: Map é um módulo Perl que pode produzir arquivo de imagem mapa cromossômico. Ele pode ser utilizado para desenhar os mapas genéticos ou físicos. Várias faixas (lista ou seja do marcador) pode ser adicionar ao mapa cromossômica: marcadores de rastrear e acompanhar QTL região intervalo (ver sinopse). A lista de cores de código está disponível em http://chicken.genouest.org/documentations/chromosomemap/#colorsSYNOPSIS #! / Usr / bin / perl -w # Este script produzir um mapa cromossômico com vários marcadores e QTL # região intervalo. Um teor de% GC falso é adicionado à utilização cromossoma rigorosa; usar Chromosome :: Mapa; minha% H = (ADL120 => '25', ADL035 => '5', ADL034 => '4', MCW014 => '110', MCW123 => '89', MCW340 => '70', LEI456 => '132', LEI451 => '130', LEI452 => '130,5', LEI453 => '130,7', LEI454 => '131', LEI455 => '131,4', LEI457 => '132', MCW087 => ' 50' , MCW012 => '12', MCW051 => '51', ADL121 => '26', ADL123 => '27', ADL122 => '26 .2' , MCW114 => '45', LEI258 => '15 ', MCW240 => '450,1' , MCW247 => '110', LEI556 => '44', MCW614 => '45 .2' , ADL067 => '5,3', MCW140 => '45 .2' , LEI056 => '450,6' ,); my $ map = Chromosome :: MAP> new (-length => '140', -nome => 'GGA5', -Altura => '500', -UNITS => 'CM',); my $ size = $ map-> get_map_size; meus $ unidades = $ map-> get_map_units; imprimir "Mapa size: $ tamanho $ unidades "; My $ mark_track = Chromosome :: Mapa :: Track-> new (-name => 'Marcadores', do tipo => 'marcador',); my $ qtl_track = cromossômicas :: Mapa :: Track-> novo ( -name => 'QTL', do tipo => 'intervalo',); my $ GC_track = Chromosome :: Mapa :: Track-> novo -name => '% GC conteúdo', do tipo => 'recurso' ( , -display => 'relativa', -render => 'gradiente',); # acrescentando faixas para mapear $ mapa-> add_track ($ mark_track); $ mapa-> add_track ($ qtl_track); $ mapa-> add_track ( $ GC_track); my $ nb_track = $ map-> get_nb_tracks; print "Nb trilha: $ nb_track "; # Gerando uma característica falso elementos relativos e adicioná-los em pista # única para fins ilustrativos my% GC, porque (meu $ i = 0; $ inew (-loc => $ nb, -cor => 'indigo', - valor => $ GC {$ nb}, -valuetype => 'parente',); $ GC_track-> add_element ($ gc);} o meu @color = qw (blueviolet darkgoldenrod preto cáqui Softblue tomate vermelho azul); foreach my $ marca (keys% H) {my $ i = abs (int (rand ($ # Cor))); my $ marcador = Chromosome :: Mapa :: element-> new (-name => $ marca, -loc => $ H {$ marca}, -cor => $ Cor ,); $ mark_track-> add_element ($ marcador);} # Definir QTL elemento my $ qtl1 = Chromosome :: Mapa :: BLOCO> new ( -name => 'BW', -start => '3', -end => '11', -cor => 'darkgoldenrod',); my $ QTL2 = Chromosome :: Mapa :: BLOCO> new (- name => 'FAT', -start => '92', -end => '100', -cor => 'darkgoldenrod',); my $ qtl3 = Chromosome :: Mapa :: BLOCO> new (-name => 'LEAN', -start => '112', -end => '120', -cor => 'darkgoldenrod',); my $ qtl4 = Chromosome :: Mapa :: BLOCO> new (-name = > 'DEV ovo', -start => '95', -end => '115',); my $ qtl5 = Cromossoma :: :: Mapa BLOCO> novo (-nome => 'IC', -start => '91', -final => '122', -cor => 'blueviolet',); my $ qtl6 = Chromosome :: Mapa :: BLOCO> new (-name => 'Born', -start => '20', -end => '130',); my $ qtl7 = Chromosome :: Mapa :: BLOCO> new (-name => 'reprodução', -start => '20', -end => '130',); $ Qtl_track-> add_element ($ qtl1); $ Qtl_track-> add_element ($ QTL2); $ Qtl_track-> add_element ($ qtl3); $ Qtl_track-> add_element ($ qtl4); $ Qtl_track-> add_element ($ qtl5); $ Qtl_track-> add_element ($ qtl6); $ Qtl_track-> add_element ($ qtl7); my $ png = $ map-> png; my $ filename_png = "chr_map.png"; open (PNG, "> $ filename_png") || die "não pode criar o arquivo: $ filename_png! "; Binmode PNG; imprimir PNG $ png, perto PNG; Requisitos: · Perl.

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