CSB. Caixa de ferramentas de biologia estrutural computacional
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CSB. Classificação e resumo

CSB. Tag

Biblioteca Python. Pitão estrutura biologia

CSB. Descrição

O CSB é uma biblioteca Python e estrutura de aplicativos, que pode ser usada para resolver problemas no campo da biologia estrutural computacional. Se você é um bioinformatician, engenheiro de software ou um pesquisador que trabalha neste campo, é provável que você encontre algo útil aqui. Nosso pacote consiste em alguns componentes principais: 1. Biblioteca de classes principais - orientada a objetos, granulares, com ênfase em design e interfaces limpas. Framework Aplicativo - Aplicativos de console ("Protocolos"), que consomem objetos da biblioteca central para construir algo executável (e esperançosamente útil) .3. Framework de teste - garante que a biblioteca realmente funcione.compatibility: Requer Python 2.6 ou superior.CSB está sendo desenvolvido no Linux, em Python 2.7. No entanto, a compatibilidade é uma meta de design e o pacote funciona em qualquer plataforma, em qualquer intérprete de python moderno desde a versão 2.6 (sim, que inclui o suporte python 3 da caixa). Se você encontrou algum problema em uma plataforma / intérprete diferente do nosso ambiente de desenvolvimento, por favor nos avise. Vamos pedir desculpas, consertar o problema e escrever um caso de teste de regressão para garantir que o problema seja resolvido uma vez e para sempre.Installationis seu intérprete compatível? Se sim, prossiga com a instalação de alguns pacotes triviais, na qual o CSB depende: 1. numpy - obrigatório (numpy.scipy.org) 2. Scipy - Obrigatório (Scipy.org) 3. matplotlib e wxpython - opcional, só necessário se você quiser usar csb.io.plots4. Unittest2 - Necessário somente se você estiver usando o Python 2.65. Argparse - Pode ser necessário se você estiver usando o Python 2.6Se, você está instalando o CSB no Windows, Numpy, Scipy e MatPlotlib pode ser instalado a partir de pacotes binários MSI / EXE, o restante pode ser instalado a partir do PYPI. Em Debian-Like Linux Distribuições Use o seu Gerenciador de Pacotes: Apt-Get Install * Pacote * Onde o pacote é um dos: python-numpy, python-scipy, python-matplotlib.finally, instale o próprio CSB: Python setup.py installcsb foi apenas Instalado no seguinte local: Python -C "Importar CSB, OS; Imprimir (OS.PATH.ABSPATH (OS.PATH.ABSPHE (CSB .__ Path __ , '...'))" Vamos chamar este caminho $ lib .Testingrunning O Suíte de Teste CSB pode ser útil se você fez alguma modificação no código-fonte, ou se simplesmente quiser verificar se o seu funcionamento de instalação. Todos os testes CSB são executados com o CSB.TEST.CONSOLE. Uma maneira típica de executar o console é: Python $ lib / CSB / teste / app.py "csb.test.cases. *" Ou apenas: Python $ lib / CSB / teste / app.pyfor Ajuda Tente: Python $ lib / CSB / TEST / APP.PY -HPara mais detalhes sobre nosso framework de teste, incluindo diretrizes para teste de unidade de escrita, consulte a documentação da API, pacote "CSB.TEST".

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