Bio :: filo :: io Bio :: Phylo :: IO Perl Módulo contém entrada e saída de dados filogenéticos.
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Bio :: Phylo :: IO Perl Módulo contém entrada e saída de dados filogenéticos. Bio :: Phylo :: IO Perl Módulo contém entrada e saída de dados filogenéticos.Synopsis Use Bio :: Phylo :: IO; # analisar uma árvore de uma string newick my $ tree_string = '(((((a, b), c), d);'; Minha $ Tree = Bio :: Phylo :: io-> anal ('-string' => $ tree_string, # anal parser, sempre adiciona etiquetas de nó '-Format' => 'newick',) -> primeiro; # Nota: Analisadores Newick Retorno # 'Bio :: Phylo :: Forest'! Chamada # -> primeiro a recuperar o primeiro # árvore da floresta. # Imprime Bio :: Phylo :: Floresta :: Árvore 'Imprimir Ref $ Árvore, "N"; # Analisando uma mesa Minha $ Table_String = QQ (A, 1,2 | B, 1,2 | C, 2,2 | D, 2,1); Minha $ matriz = Bio :: Phylo :: io-> anal ('-string' => $ table_string, '-Format' => 'table', # Tipo de dados, veja Bio :: Phylo :: Parsers :: Tabela ' -type '=>' Standard ', # separador de campo' -fielfs '=>', ', #, separador de linha' -linesep '=>' | '); # imprime 'Bio :: Phylo :: matrizes :: matriz' Imprimir Ref $ matriz, "N"; # Analisando uma lista de táxons Minha $ TAXA_STRING = 'A: B: C: D'; Meu $ TAXA = BIO :: Phylo :: io-> anal ('-string' => $ taxa_string, '-Format' => 'Taxlist', '-Felva' => ':' '); # Imprime Bio :: Phylo :: Taxa 'Imprimir Ref $ Taxa, "N"; # Jogos nomes de táxon na árvore para $ Taxa Object $ tree-> Cross_reference ($ taxa); # Da mesma forma para matriz $ matrix-> cross_reference ($ taxa); Imprimir Bio :: Phylo :: io-> âmara (# Passe o objeto da árvore, # crossreferenciado a taxa, que # são crossreferenciados à matriz '-phylo' => $ árvore, '-Format' => 'pagel'); # imprime um arquivo de dados pagel: # 42 # a, n1.0.000000,1,2 # B, n1.0.000000,1,2 # N1, n2.0.000000 # C, n20,000000,2,2 # N2, n3 , 0,000000 # D, N3.0.000000,1 Requisitos: · Perl.

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