Bio :: db :: seqfeature :: loja Bio :: SAQFeature :: Loja é um módulo Perl para armazenamento e recuperação de dados de anotação de sequência.
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Bio :: db :: seqfeature :: loja Descrição

Bio :: DB :: SEQFEATURE :: Loja é um módulo Perl para armazenamento e recuperação de dados de anotação de seqüência. Bio :: Seqfeature :: Loja é um módulo Perl para armazenamento e recuperação de seqüência de dados de anotação.Synopsis Use Bio :: DB :: Seqfeature :: Loja; # Abra o banco de dados de recurso Meu $ DB = Bio :: DB :: Seqfeature :: Loja-> Novo (-Adoptor => 'DBI :: mysql', -dsn => 'dbi: mysql: teste', -write => 1); # Obtenha um recurso de algum lugar meu recurso $ = Bio :: Seqfeature :: Genérico-> Novo (...); # armazenar $ db-> Loja ($ recurso) ou morrer "Não foi possível armazenar!"; # ID primário do recurso é alterado para indicar seu ID # principal no banco de dados ... My $ ID = $ recurso-> primário_id; # Obtenha o recurso de volta no meu $ f = $ db-> buscar ($ ID); # Altere o recurso e atualize $ F-> START (100); $ db-> atualização ($ f) ou morrer "não pôde atualizar!"; # Pesquisando ... por id meus @Features = $ db-> fetch_many (@list_of_ids); # ... por nome @Features = $ db-> get_features_by_name ('zk909'); # ... por alias @Features = $ db-> get_features_by_alias ('sma-3'); # ... por tipo @Features = $ db-> get_features_by_name ('gene'); # ... por localização @Features = $ db-> get_features_by_location (-seq_id => 'chr1', - start => 4000, -end => 600000); # ... por atributo @Features = $ db-> get_features_by_attribute ({description => 'proteína quinase'}) # ... pelo campo gff "Nota" @Result_List = $ db-> Search_Notes ('quinase'); # ... por combinações arbitrárias de seletores @Features = $ db-> Recursos (-Name => $ nome, -type => $ tipos, -seq_id => $ seqid, -start => $ start, -end => $ $ final, -attributes => $ atributos); # ... usando um iterador meu $ iterator = $ db-> get_seq_stream (-Name => $ nome, -type => $ tipos, -seq_id => $ seqid, -start => $ start, -end => $ final, -attributes => $ atributos); while (my $ recurso = $ iterator-> next_seq) {# Faça algo com o recurso} # ... Limitando a pesquisa a uma região específica Meu segmento $ DB-> segmento ('Chr1', 5000 => 6000) ; Meus @Features = $ segment-> Recursos (-type => ); # recebendo e armazenando informações de seqüência # Aviso: Isso retorna uma string e não um objeto principalSQ $ DB-> inserção_sequence ('chr1', 'gatccccgggattccaaaaa ...'); Minha sequência $ = $ dB-> fetch_sequence ('chr1', 5000 => 6000); # Criar um novo recurso no banco de dados Meu recurso $ = $ db-> new_feature (-primary_tag => 'mRNA', -seq_id => 'chr3', -start => 10000, --end => 11000); # Carregue um arquivo gff3 inteiro, usando o carregador GFF3 ... My $ loader = Bio :: DB :: Seqfeature :: Loja :: gff3Loader-> Novo (-store => $ db, -verbose => 1, => 1); $ loader-> carga ('./ my_genome.gff3'); Requisitos: · Perl.

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