Bio :: db :: sam Leia arquivos de banco de dados SAM / BAM
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base de dados Módulo Perl. Leitor de banco de dados SAM. Leitor de banco de dados Bam. Sam. Bam

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arquivos de banco de dados Leia SAM / BAM Bio :: DB :: Sam é um módulo que proporciona uma interface de Perl para a biblioteca libbam para bases de dados para alinhamento de sequências SAM / BAM indexados e não indexados. Ele fornece suporte para recuperar informações sobre alinhamentos individuais, pares de ler, e informações de cobertura alinhamento em grandes regiões. Ele também fornece funcionalidade de retorno de chamada para a chamada de SNPs e a execução de outras funções de base-por-base. A maioria das operações são compatíveis com a interface BioPerl Bio :: SeqFeatureI, permitindo arquivos BAM para ser usado como um backend para o GBrowse genoma uso application.SYNOPSIS navegador Bio :: DB :: Sam; # Alto nível API my $ sam = Bio :: DB :: Sam-> new (-bam => "Dados / ex1.bam", -fasta => "Dados / ex1.fa"); minha @targets = $ SAM-> seq_ids; meus @alignments = $ SAM-> get_features_by_location (-seq_id => 'seq2', -start => 500, -end => 800); para o meu $ a (@alignments) {my $ SEQID = $ a-> SEQ_ID; meus $ start = $ a-> começar; my $ end = $ a-> end; my $ vertente = $ a-> vertente; my $ charuto = $ a-> cigar_str; my $ emparelhado = $ a-> get_tag_values ( 'PAREADO'); my $ ref_dna = $ a-> dna; # Seqüência de referência my $ query_dna = $ a-> query-> dna; # Consulta seqüência minha @scores = $ a-> qscore; # Per-base de índices de qualidade my $ match_qual = $ a-> qua; # Qualidade do jogo} meus @pairs = $ SAM-> get_features_by_location (-type => 'read_pair', -seq_id => 'seq2', -start => 500, -end => 800); para minha US $ par (@pairs) {my $ comprimento = $ Pair-> comprimento; # Insere comprimento my ($ first_mate, $ second_mate) = $ Pair-> get_SeqFeatures; my $ f_start = $ first_mate-> começar; my $ s_start = $ second_mate-> começar; } # Baixo nível API my $ bam = Bio :: DB :: Bam-> open ( '/ path / to / bamfile'); my $ header = $ bam-> cabeçalho; my $ target_count = $ cabeçalho são> n_targets; my $ target_names = $ cabeçalho são> target_name; while (my $ align = $ bam-> READ1) {my $ SEQID = $ target_names -> ; meus $ start = $ alinha-> pos + 1; my $ end = $ alinha-> calend; my $ charuto = $ alinha-> cigar_str; } My $ index = Bio :: DB :: Bam-> index_open ( '/ path / to / bamfile'); my $ callback = sub {my $ alinhamento = shift; meus $ start = $ Alinhamento-> começar; my $ end = $ Alinhamento-> end; my $ SEQID = $ target_names -> ; imprimir $ Alinhamento-> qname," alinha a US $ SEQID: $ começar .. $ end ";} My $ header = $ index-> cabeçalho; $ index-> fetch ($ bam, $ o cabeçalho são> parse_region ( 'seq2'), $ callback); Requisitos: · Perl.

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