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base de dados Módulo Perl. pesquisa de banco de dados seqüência pesquisa de seqüência

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Bio :: Ferramentas :: Executar :: PisApplication :: FASTA é uma classe bioperl para pesquisa de banco de dados de seqüência. Bio :: Ferramentas :: Run :: PisApplication :: FASTA é uma classe bioperl para pesquisa de banco de dados de seqüência.Parameters: FASTA (excl) Query do programa FASTA (seqüência) consulta seqüência de consulta Tubo de arquivo: seqfile seqtype (excl) é um DNA ou proteína Seqüência (exceto) Protein_DB (exceto) Nucleotid_DB (excl) Nucleotid Banco de Dados Break_Long (inteiro) quebrar longas seqüências de biblioteca em blocos (-n) KTUP (inteiro) KTUP: sensibilidade e velocidade da pesquisa (proteína: 2, DNA: 6) Optcut (Integer) Optcut: o limite para otimização. (-C) Penalidade Gapinit (inteiro) para iniciação Gap (-12 por padrão para FASTA com proteínas, -16 para penalidade de DNA) (-F) GAPEXT (inteiro) para extensão de gap (-2 por padrão para Fastas, - 4 para DNA) (-G) High_Expect (float) Limite de valor de expectativa máxima para exibir pontuações e alinhamentos (-e) Low_Expect (float) Limite de valor de expectativa mínima para exibir pontuações e alinhamentos (-f) Nucleotid_match (inteiro) recompensa por um nucleotídeo Match (-r) Nucleotid_Mismatch (inteiro) Penalty para uma madração de incompatibilidade nucleótido (exceto) Matriz (exceto) de pontuação (-S) x_penalty (inteiro) Penalidade para uma partida para 'x' (independentemente da matriz do PAM) (- x) Penalidade de Frameshift (inteiro) para frameshift entre o códon (rápido / tast ) (- h) multa frameshift_within (inteiro) para frameshift dentro de um códon (fasty / tasty) (- J) Search Search Apenas os três quadros encaminhados (TFSTFASTA) (-3) invertem (switch) Reverse complement A sequência de consulta (todos os TFFTA) (-i) Genetic_code (excl) Use Genetic C Ode para tradução (tastea / tast / rápido ) (-t) banda (inteiro) largura de banda usada para otimização (-y) Swalig (switch) Alinhamento ilimitado de Smith-Waterman para DNA (-A) Noopt (Switch) Nenhuma otimização limitada (-o) STAT (excl) especifique o cálculo estatístico. (-z) parâmetros estímetros aleatórios (switch) de cópias embaralhadas de cada sequência de biblioteca (-z) histograma (switch) sem histograma (-H) pontuações (inteiro) Número de pontuações de similaridade a serem mostradas (-B) ALNS (inteiro ) Número de alinhamentos a serem mostrados (-D) HTML_Output (switch) Saída HTML (MM) MarkX (excl) Exibição alternativa de correspondências e incompatibilidades nas seqüências de alinhamento init1 (switch) classificadas pelo escore Z com base na pontuação Init1 ( -1) z_score_out (excl) Mostrar Normalizar pontuação como (-B) showall (switch) ambas as seqüências são mostradas em sua totalidade em alinhamentos (apenas - um) LINLEN (inteiro) Linha de saída Linha de saída para alinhamentos de seqüência (máx. 200 ) (-w) Offsets (string) Iniciar numeração As sequências alinhadas na posição X1 X2 (2 números) (-x) Informações (switch) Exibe mais informações sobre a sequência da biblioteca no alinhamento (-L) STATFILE (Outfile) O identificador de sequência, o número da superfamília e as pontuações de similaridade para este arquivo (-r) filtram (switch) Outfile de filtragem de minúsculas (-S) (Outfil E) Tubo: Mview_Input Html_Outfile (Outfile) Requisitos: · Perl.

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