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Módulo Perl. pontuação bioperl. Relatório de explosão Par de pontuação alta. Hsp.

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Bio :: Ferramentas :: BPLITE :: HSP é um relatório de explosão Alto par de pontuação (HSP). Bio :: Ferramentas :: BPLITE :: HSP é um relatório de explosão Alto par de pontuação (HSP) .Synopsis Use Bio :: Tools :: BPLITE; Meu $ Report = New Bio :: Ferramentas :: BPLITE (-FH => * stdin); {while (my $ sbjct = $ report-> nextsbjct) {while (my $ hsp = $ sbjct-> nexthsp) {$ hsp-> pontuação; $ hsp-> bits; $ hsp-> por cento; $ hsp-> p; $ hsp-> partida; $ hsp-> positivo; $ hsp-> comprimento; $ hsp-> queryseq; $ hsp-> sbjctseq; $ hsp-> homologyseq; $ hsp-> query-> start; $ hsp-> query-> final; $ hsp-> hit-> start; $ hsp-> hit-> final; $ hsp-> hit-> seq_id; $ hsp-> hit-> sobrepõe ($ exon); }} # A seguinte linha leva você para o próximo relatório no fluxo / arquivo # ele retornará 0 se esse relatório estiver vazio, #, mas isso é válido para um relatório de explosão vazio. # Retorna -1 para o eof. Último se $ Relatório -> _ Parseheader == -1; REDO} Este objeto lida com os dados de pares de alta pontuação para um relatório de explosão. É aqui que a identidade percentual, consulta e comprimento da sequência, valor p, etc. são armazenados e onde a maioria das informações necessárias está localizada ao construir lógica ao redor de um relatório de explosão. Requisitos: · Perl.

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