Bio :: Taxon. Bio :: Taxon é um nó em uma taxonomia representada.
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Bio :: Taxon. Classificação e resumo

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Bio :: Taxon. Descrição

Bio :: Taxon é um nó em uma taxonomia representada. Bio :: Taxon é um nó em uma taxonomia representada.synopsis Use Bio :: Taxon; # Normalmente, você receberá um táxon de um objeto Bio :: DB :: Taxonomy Object # mas aqui está como você inicializa um meu $ taxon = New Bio :: Taxon (- nome => $ nome, - rank => $ rank, -division => $ div); # Obtenha um de um banco de dados Meu $ DBH = New Bio :: Taxonomy (-Source => 'Flatfile', -directory => '/ tmp', -nodesfile => '/path/to/nodes.dmp' , -namesfile => '/path/to/names.dmp'); meu $ human = $ dbh-> get_taxon (-Name => 'homo sapiens'); $ humano = $ dbh-> get_taxon (-taxonid => '9606'); Imprimir "id é", $ human-> id, "n"; # 9606 Imprimir "Rank é", $ Human-> Rank, "N"; # espécie imprimir "nome científico é", $ human-> cientification_name, "n"; # Homo sapiens Imprimir "Divisão é", $ human-> divisão, "n"; # Primatas meu mouse = $ dbh-> get_taxon (-Name => 'musculus musculus'); # Você pode rapidamente fazer suas próprias linhagens com o banco de dados de lista minhas @ranks = QW (espécie de gênero de classe superkingdom); Minha @H_LineAge = ('Eukaryota', 'Mammalia', 'homo', 'homo sapiens'); Meu $ List_DBH = New Bio :: DB :: Taxonomy (-Source => 'Lista', -Names => @h_lineAge, --ranks => @ranks); $ human = $ list_dbh-> get_taxon (-Name => 'homo sapiens'); meus @names = $ human-> common_names; # @names está vazio $ human-> common_names ('mulher'); @names = $ human-> common_names; # @names contém mulher # você pode mudar para outro banco de dados quando precisar de mais informações Meu $ Entrez_DBH = New Bio :: DB :: Taxonomy (-Source => 'Entrez'); $ human-> db_handle ($ Entrez_DBH); @names = $ human-> common_names; # @names contém mulher, humano, homem # desde Bio :: Taxon Implements Bio :: Árvore :: Nodei, temos acesso a esses métodos # (e podemos criar manualmente nossos próprios táxons e taxonomia sem o uso # de qualquer banco de dados) $ homo = $ human-> ancestral; # Apesar de ter cuidado com cada_descendente - a menos que você adiciona_descendente () # você mesmo, você não receberá uma resposta porque, ao contrário do ancestral (), Bio :: Taxon # não faz o banco de dados para a resposta. Você pode perguntar ao banco de dados # usando o mesmo método: ($ humano) = $ homo-> db_handle-> cada_descendente ($ homo); # Nós também podemos aproveitar a Bio :: Árvore :: Árvore * Métodos: # a) Alguns métodos estão disponíveis com apenas um objeto de árvore vazio Use Bio :: Árvore :: Árvore; Meu $ tree_functions = New Bio :: Tree :: Árvore (); Minha @lineAge = $ tree_functions-> get_lineage_nodes ($ humano); Meu $ LCA = $ tree_functions-> get_lca ($ humano, $ mouse); # b) Para outros métodos, crie uma árvore usando seu objeto Taxon My $ tree = New Bio :: Tree :: Árvore (-Ode => $ humano); minha @TAXA = $ tree-> get_nodes; $ homo = $ tree-> Find_node (-rank => 'gênero'); # Normalmente você não pode obter a LCA de um táxon derivado de banco de dados de lista e um # Entrez ou derivado de flatfile, porque os dois bancos de dados diferentes podem ter raízes diferentes e números diferentes de classificações entre a raiz e o # taxa de interesse #. Para resolver isso, faça uma árvore do táxon com a linhagem mais detalhada e emenda de todos os táxons que não estarão na linhagem de # seu outro táxon: meu $ Entrez_Mouse = $ Entrez_dbh-> get_taxon (-Name => 'Musculus mus'); My $ List_Human = $ List_dbh-> get_taxon (-Name => 'homo sapiens'); Meu $ Mouse_tree = New Bio :: Tree :: Árvore (-Ode => $ Entrez_Mouse); $ mouse_tree-> splice (-keep_rank => @ranks); $ lca = $ mouse_tree-> get_lca ($ entrez_mouse, $ list_human); Requisitos: · Perl.

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