Bio :: Seqio :: Fastq Bio :: Seqio :: Fastq é um fluxo de entrada / saída de seqüência rápida.
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Bio :: Seqio :: Fastq Classificação e resumo

Bio :: Seqio :: Fastq Tag

Módulo Perl. seqüência Fluxo de entrada / saída Seqüência Fastq. fastq.

Bio :: Seqio :: Fastq Descrição

Bio :: Seqio :: Fastq é um fluxo de entrada / saída de seqüência rápida. Bio :: Seqio :: Fastq é uma corrente de entrada / saída de seqüência rápida.synopsisdo não use este módulo diretamente. Usá-lo através do Bio :: Seqio Class.Este objeto pode transformar Bio :: SEQ e BIO :: Seq :: SeqwithQuity Objects de e para bancos de dados de arquivo flat fastq.fastq é um formato de arquivo usado com frequência no Centro Sanger para agrupar um FASTA seqüência e seus dados de qualidade. Uma entrada típica fica a partir de: @ hcdpq1d0501 gatttggggttcaaagcagtatcgatcaaatagtatcccatttgttcaactcacagttt ..... + hcdpq1d0501! '* * (((((((*** +)) %%% ++) (%%%). 1 *** - + * '' '' ')) ** 55ccf >>>>>> CCCCCCC65 ..... FastQ Arquivos têm seqüência e dados de qualidade em uma única linha e os valores de qualidade são codificados de um único byte. Para recuperar os valores decimais para as qualidades necessárias para subtrair 33 (ou octal 41) de cada byte e, em seguida, converter para um inteiro '2 dígitos + 1 espaço'. Você pode verificar se 33 é o número certo porque o primeiro byte que é sempre '!' Corresponde a um valor de qualidade de 0.Requirements: · Requisitos de Perl: · Perl.

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