Bio :: Seqfeature :: Ferramentas :: Unflattener

Bio :: Seqfeature :: Ferramentas :: Unflattener é um módulo Perl que transforma lista plana de recursos de origem genbank.
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Bio :: Seqfeature :: Ferramentas :: Unflattener Descrição

Bio :: Seqfeature :: Ferramentas :: Unflattener é um módulo Perl que transforma lista plana de recursos de origem genbank. Bio :: Seqfeature :: Ferramentas :: Unflattener é um módulo Perl que transforma lista plana de recursos de origem genbank em um seqfeaturei hierarchy.synopsis # padrão / uso genérico - Unflatten um registro Genbank use Bio :: Seqio; Use Bio :: Seqfeature :: Tools :: Unflattener; # Gerar um objeto Unflattener $ Unflattener = Bio :: Seqfeature :: Ferramentas :: Unflattener-> Novo; # primeiro busca um objeto Genbank Seqi $ SEQIO = Bio :: Seqio-> Novo (-File => 'ae003644.gbk', -Format => 'genbank'); Meu $ Out = Bio :: Seqio-> Novo (-Format => 'Asciitree'); while ($ SEQ = $ SEQIO-> Next_SEQ ()) {# Obtenha o nível superior unflorted seqfeaturei objetos $ unflattener-> unflatten_seq (-seq => $ SEQ, -USE_MAGIC => 1); $ Out-> Write_SEQ ($ SEQ); @top_sfs = $ SEQ-> get_seqfeatures; Foreach My $ SF (@top_sfs) {# Faça algo com recursos de nível superior (por exemplo, genes)}} A maioria das entradas Genbank para DNA genômico anotado contém uma lista plana de recursos. Esses recursos podem ser analisados em uma lista plana equivalente de Bio :: SeqFeaturei Objects usando as classes padrão Bio :: Seqio. No entanto, é muitas vezes desejável desabilitar essa lista em algo que se assemelhe a modelos gênicos reais, nos quais os genes, MRNAs e CDSs são aninhados de acordo com a natureza do modelo genético. O modelo de objeto BioPerl nos permite armazenar esses tipos de associações entre a SEQFeatures em Hierarquias de contenção - qualquer objeto SEQFeaturei pode conter objetos de seqfeaturei aninhados. O Bio :: Seqfeature :: Ferramentas :: O objeto Unflattener facilita a construção dessas hierarquias da representação de lista de características de recursos planas de genbank subjacentes. Requisitos: · Perl.


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