Bio :: Seq :: primedseq Uma representação de uma sequência e dois primers que flanqueam uma região de destino
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Bio :: Seq :: primedseq Classificação e resumo

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Módulo Perl. perl bio região alvo seqüência preparada preparado

Bio :: Seq :: primedseq Descrição

Uma representação de uma sequência e dois primers que flanqueam uma região alvo Bio :: Seq :: primedseq é uma representação de uma sequência e dois primers flanqueando uma região de destino.synopsis # A maneira mais fácil de usar isso é provavelmente, (i), obtenha a saída # da Bio :: Ferramentas :: Executar: : Primer3, Bio :: Ferramentas :: Primer3, ou # Bio :: Ferramentas :: PCRSimulação: # Por exemplo, comece com um arquivo FASTA use Bio :: Seqio; Use Bio :: Tools :: Run :: Primer3; meu arquivo $ = shift || morrer "precisa de um arquivo para ler"; Meu $ SEQIN = BIO :: SEQIO-> NOVO (-File => $ file); Meu $ SEQ = $ SEQIN-> NEXT_SEQ; # Use Primer3 para projetar alguns primers My $ Primer3run = Bio :: Ferramentas :: Executar :: Primer3-> Novo (-seq => $ SEQ); $ Primer3run -> corrida; # Execute-o com os parâmetros padrão # Crie um arquivo para gravar os resultados para o meu $ Seqout = Bio :: Seqio-> Novo (-File => "> primed_sequence.gbk", -Format => 'genbank'); # Agora, basta obter todos os resultados e escrevê-los. Enquanto (meus $ Resultados = $ Primer3run-> Next_Primer) {$ SEQOUT-> WRITE_SEQ ($ Results-> Annotated_SEQ); } # Ou, (ii), para criar um arquivo genbank para uma sequência e seus primers cognatos: use Bio :: Seqio; Use Bio :: Seq :: primedseq; # tenha um arquivo de sequência ($ file) com o modelo e dois primers # que correspondam, no formato FASTA My $ File = Shift || morrer "$ 0"; Meu $ SEQIN = BIO :: SEQIO-> NOVO (-File => $ file); # Leia três sequências Meu ($ Modelo, $ LeftPrimer, $ Rightprimer) = ($ SEQIN-> NEXT_SQ, $ SEQIN-> Next_SEQ, $ SEQIN-> Next_SEQ); # Configurar o objeto de sequência primed My $ Primedseq = Bio :: SEQ :: primedseq-> Novo (-seq => $ Modelo, -left_primer => $ leftprimer, - Right_primer => $ $Primer); # Abra um arquivo para saída Meu $ Seqout = Bio :: Seqio-> Novo (-File => "> primed_sequence.gbk", -Format => 'genbank'); # Imprimir a seqüência de $ Seqout-> write_seq ($ primedseq-> anotado_sequence); # Isso deve produzir um arquivo genbank com os dois primers rotulados. Este módulo é uma cápsula ligeiramente glorificada contendo uma sequência preparada. Foi criado para resolver o fato de que um primer é mais do que um SEQFeature e precisa ser maneiras de representar o complexo de seqüência de primer e os comportamentos e atributos que estão associados ao complexo. Requisitos: · Perl.

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