Bio :: Restrição :: Enzima Bio :: Restrição :: Enzima é uma endonuclease de restrição única (reduza o DNA em locais específicos).
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Módulo Perl. bio enzima de restrição endonuclease de restrição. Restrição

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Bio :: Restrição :: Enzima é uma endonuclease de restrição única (reduza o DNA em locais específicos). Bio :: Restrição :: Enzima é uma endonuclease de restrição única (corta DNA em locais específicos) .Synopsis # Configure uma única enzima de restrição. Isso contém muitos # informações sobre a enzima que geralmente é analisada a partir de um arquivo de rebase # e pode ser lido de volta Use Bio :: Restrição :: Enzima; # Defina uma nova enzima com a sequência de corte Minha $ re = Nova Bio :: Restrição :: Enzima (-enzima => 'EcoRi', -SEQ => 'G ^ AATTC'); # Uma vez que a sequência tenha sido definida um monte de coisas é calculado # para você: #### Precalculated # Encontrar onde a enzima corta depois ... meu $ CA = $ RE-> # ... e onde corta no strand oposto meu $ OCA = $ RE-> complementary_cut; # Obtenha a seqüência de corte sequência de volta. # Observe que o site retornará a sequência com um caret my $ with_caret = $ re-> site; #Returns 'g ^ aatc'; # Mas também é um objeto BIO :: Primaryseq .... Meu $ WALLE_CARET = $ RE-> SEQ; # retorna 'gaattc'; # ... e assim como string $ sem_caret = $ re-> string; #returns 'gaattc'; # Qual é o complemento reverso do local de corte Meu $ RC = $ RE-> REVCOM; # retorna 'gaattc'; # Agora o comprimento do reconhecimento. Existem dois tipos: # Recognition_Length () é o comprimento da sequência # cortador () Estimativa de frequência de corte Meu $ Recog_Length = $ RE-> Recognition_Length; # Retorna 6 # também retorna 6 neste caso, mas retornaria # 4 para GANNTC e 5 para RGATCY (BSTX2I)! $ recog_Length = $ re-> cortador; # é a seqüência um palíndromo - o mesmo encaminhamento e para trás meu $ PAL = $ re- palíndromo; # Este é um booleano # é a sequência romba (i.e. sem saliência - os cortes avançados e reversos # são os mesmos) Imprimir "Bluntn" Se $ RE-> SUBERHANG EQ 'Blunt'; # Overhang pode ter três valores: "5 '", "3'", "Blunt", e Redef # direção é muito importante se você usar Klenow! meu $ OH = $ RE-> SUBERHAND; # Qual é a sequência de saliências Meu $ OHSEQ = $ RE-> Overhang_SEQ; # retornará 'AATT'; # é a sequência ambígua - contém bases não-GATC? meu $ ambig = $ re-> is_ambigue; # isto é boolean imprimir "coisas sobre as enzymencuts depois: $ lata", "Corte complementar: $ ocansite: NT $ with_caret Orn", "T $_CARETN"; Imprimir "Verso da seqüência: $ rcnrecognition Comprimento: $ recog_lengthn", "é palíndromo? $ Paln"; Imprimir "A Overhang é $ Oh com Sequência $ Ohseqn", "e é ambíguo? $ Ambinnn"; ### Coisas que você pode definir e obter do Rich Rebase File # Obtenha ou defina os isoschizomers (enzimas que reconhecem o mesmo site) $ RE-> isoschizomers ('pvuii', 'smai'); # não é realmente verdadeiro :) Imprimir "isoschizomers", junte-se "", $ re-> isoschizomers, "n"; # obter ou definir os locais de metilação $ re-> metilation_sites (2); # não é realmente verdadeiro :) imprimir "metilado em", junte-se "", teclas% {$ re-> metilation_sites}, "n"; #Get ou defina o micróbio de origem $ re-micróbio ('e. Coli'); Imprimir "veio de", $ re-> micróbio, "n"; # obter ou definir a pessoa que isolou $ re-> fonte ("Rob"); # não é realmente verdadeiro :) imprimir $ re-> fonte, "enviado para USN"; # obter ou defina se está disponível comercialmente e a empresa # que pode ser comprada em $ re-> fornecedores ('Neb'); # Minha impressão favorita "está disponível comercialmente:"; Imprimir $ re-> fornecedores? "Sim não"; Imprimir "e pode ser obtido de", junte-se "", $ re-> fornecedores, "n"; # obter ou definir uma referência para esta referência $ re-> ('Edwards et al. J. Bacteriology'); Imprimir "Não foi publicado em", $ referência, "n"; # obter ou definir o nome da enzima $ re-> nome ('bamhi'); Imprimir "O nome do Ecoi não é realmente", $ re-> nome, "n"; este módulo define uma endonuclease de restrição única. Você pode usá-lo para fazer enzimas de restrição personalizada, e é usado por Bio :: Restrição :: IO para definir enzimas na Nova Inglaterra Biolabs Rebase Collection.use Bio :: Restrição :: Análise para descobrir quais enzimas estão disponíveis e onde Eles cortam sua sequência. Requisitos: · Perl.

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