Bio :: Nexus :: Treesblock Bio :: Nexus :: Treesblock é um módulo Perl que representa bloco de árvores de um arquivo Nexus.
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Bio :: Nexus :: Treesblock Classificação e resumo

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quadra Módulo Perl. Árvores Arquivo Nexus. Bloco de árvores

Bio :: Nexus :: Treesblock Descrição

Bio :: Nexus :: Treesblock é um módulo Perl que representa bloco de árvores de um arquivo Nexus. Bio :: Nexus :: Treesblock é um módulo Perl que representa bloco de árvores de um arquivo nexus.synopsis se ($ tipo = ~ / árvores / i) {$ block_object = novo bio :: nexus ::sblock ($ block_type, $ block_type $ verbose); } Se um bloco de nexus for um bloco de árvores, este módulo analisa o bloco e armazena o Data.Methodsnew Title: Novo Uso: Block_Object = New Bio :: Nexus :: Treesblock ($ block_type, $ comandos, $ verbose); Função: Cria um novo objeto BIO :: ÁrvoreBlock e lê automaticamente o arquivo retornos: Bio :: Nexus :: Árvores Objeto Args: Digite (string), os comandos / comentários para analisar (array ref) e um sinalizador detalhado (0 ou 1; opcional) Clone Title: Clone Uso: Meu $ Newblock = $ block-> clone (); Função: Clone A Block Object (raso) Retorna: Block Object Args: Noneset_Trees Título: Set_Trees Uso: $ block-> set_trees ($ Âsbas); Função: Define a lista de árvores (BIO :: NEXUS :: Árvores) Retornos: Nenhum Args: Ref para Array of Bio :: NEXUS :: Árvore ObjectosAdd_tree Título: Add_tree Uso: $ block-> add_tree ($ árvore); Função: adicionar árvores (Bio :: NEXUS :: Tree Object) retorna: Nenhum Args: A Bio :: Nexus :: Tree ObjectADd_tree_From_newick Title: add_tree_from_newick Uso: $ bloco-> add_tree_from_newick ($ newick_tree, $ tree_name); Função: Adicionar uma árvore (Bio :: NEXUS :: Tree Object) retorna: Nenhum Args: uma corda de árvore no formato Newick e um nome para a árvore (escalares) Get_Trees Título: Get_Trees Uso: $ block-> get_trees (); Função: Obtém a lista de árvores (Bio :: Árvores :: Árvores) e retorna Retorna: Ref para Array of Bio :: NEXUS :: Árvores Objetos Args: não égetg_tree Title: get_tree Uso: $ block-> get_tree ($ treename ); Função: Obtém a primeira árvore (Bio :: Nexus :: Árvore) que corresponde ao nome dado ou a primeira árvore se $ treename não for especificado. Se nenhuma árvore corresponder, retorna indef. Retorna: Um Bio :: NEXUS :: Árvore Args: Nome da árvore ou Noneset_Translate Título: Set_Translate Uso: $ block-> set_translate ($ Traduzir); Função: Define o hash de traduz para os nomes dos nós Retornos: Nenhum Args: Hash de Translatestranslate Title: Traduzir Uso: $ auto-> Traduzir ($ num); Função: Traduz um número com o nome associado. Retorna: Integer ou String Args: Método Integer: Retorna o nome associado ao nome traduzido desse número. Se não consegue encontrar uma associação, retorna o número do número.Reroot_tree: Rerooot_tree Uso: $ block-> reroot_tree ($ outgroup, $ root_position, $ treename); Função: Reroot uma árvore usando um OTU como novo outgroup. Retorna: Nenhum ARGS: Nome do outgroup, a distância antes da posição raiz e árvore namereroter_all_trees Título: reroot_all_trees Uso: $ bloco-> reroot_all_trees ($ outgroup, $ root_position); Função: Reroot todas as árvores na árvore de blocos de árvores. Use um OTU como novo outgroup retornos: Nenhum Args: Nome do Outgroup e Posição Raiz Rename_otus Título: Rename_otus Uso: $ block-> rename_otus (% tradução); Função: Nódulos de função com base em uma tradução Hash Returns: Nenhum Args: Hash contendo tradução (por exemplo, {old_name => new_name}) Comentários: os nós não incluídos na tradução Hash são não afectadoselecione_otus nome: select_otus Uso: $ nexus-> select_otus (@otunames ); Função: Selecione um subconjunto de Otus Returns: Um novo Nexus Object Args: A Ref para Array do Otu NamessElect_tree Name: Select_tree Uso: $ Nexus-> Select_tree ($ Treename); Função: Selecione um retorno de árvore: um novo objeto Nexus Args: Um Names de ÁrvoresElect_Subtree Nome: Select_Subtree Uso: $ Nexus-> select_subtree ($ inodename); Função: selecione uma subárvore retorna: um novo objeto Nexus Args: um nome de nó interno para subárvore para ser selecionadoExclude_subtree Nome: exclude_subtree Uso: $ Nexus-> exclude_subtree ($ inodename); Função: remover uma subárvore retorna: um novo objeto Nexus Args: Um nó interno para subárvore para ser removidos Nome: é igual a uso: $ nexus-> é igual a ($ outro); Função: Compare se dois objetos Nexus são retornos iguais: Args booleanos: requisitos de objeto Nexus: · Perl.

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