Bio :: Graphics :: Painel Bio :: Graphics :: Painel é um módulo Perl para gerar imagens GD de Bio :: SEQ Objects.
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Bio :: Graphics :: Painel Classificação e resumo

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Módulo Perl. gerar D'd. gerar imagens GD

Bio :: Graphics :: Painel Descrição

Bio :: Graphics :: Painel é um módulo Perl para gerar imagens GD de Bio :: SEQ Objects. BIO :: Graphics :: Painel é um módulo Perl para gerar imagens GD de Bio :: SEQ Objects.synopsis # Este script analisa um arquivo genbank ou EMBL nomeado no comando # linha e produz uma renderização PNG. Chame assim: # render.pl my_file.embl | Exibir - use rigoroso; Use Bio :: Gráficos; Use Bio :: Seqio; Meu $ File = Shift ou Die "Forneça um arquivo de seqüência como argumento"; Meu $ io = Bio :: Seqio-> Novo (-File => $ file) ou morrer "Não foi possível criar Bio :: Seqio"; Meu $ SEQ = $ O-> next_seq ou morrer "não conseguiu encontrar uma sequência no arquivo"; Meus @Features = $ SEQ-> ALL_SQFeatures; # classificar recursos por suas tags primeiras My% Sorted_Features; Para minhas $ f (@Features) {my $ tag = $ F-> primário_tag; push @ {$ sorted_features {$ tag}}, $ f; } Meu $ Panel = Bio :: Graphics :: Painel-> Novo (-Length => $ SEQ-> Comprimento, -Key_Style => 'entre', -width => 800, -pad_left => 10, -pad_right => 10,); $ Panel-> Add_Track (Seta => Bio :: Seqfeature :: Genéricos-> Novo (-start => 1, -end => $ SEQ-> comprimento), -bump => 0, -double => 1, - Tick => 2); $ painel-> add_track (genérico => bio :: seqfeature :: generic-> novo (-start => 1, -end => $ SEQ-> comprimento), -glyph => 'genérico', -bgolor => ' azul ', -label => 1,); # caso geral meus @Colors = qw (ciano laranja azul roxo verde chartreuse magenta amarelo aqua); meu $ IDX = 0; Para minha $ tag (Teclas de classificação% Sorted_Features) {My $ Recursos = $ Sorted_Features {$ tag}; $ Panel-> Add_Track ($ Recursos, -glyph => 'genérico', -bgolor => $ cores , -fgcolor => 'black', -font2color => 'vermelho', > "$ {tag} s", -bump => +1, -Height => 8, -label => 1, -Description => 1,); } Imprimir $ painel-> png; $ Painel-> acabado; exit 0; A classe Bio :: Graphics :: Painel fornece desenho e formatação de serviços para qualquer objeto que implementa a interface Bio :: SeqFeatureI, incluindo Ace :: Sequência :: Característica e Das :: objetos Segmento :: recurso. Ele pode ser usado para desenhar anotações de sequência, física (Contig) mapeia, ou qualquer outro tipo de mapa no qual um conjunto de intervalos discretos precisam de ser colocado sobre o módulo número line.The suporta um estilo de desenho, no qual cada tipo de característica ocupa uma "faixa" discreto que abrange a largura da tela. Cada pista terá seu próprio "glifo" distintivo, uma representação gráfica configurável do módulo feature.The também suporta um estilo mais flexível em que vários tipos de características diferentes e seus glifos associados podem ocupar a mesma faixa. A escolha de glifo está sob de tempo de execução de zoom control.Semantic (por exemplo, mudando o tipo de glifo, dependendo da densidade de recursos) é suportado por um sistema de chamada de retorno para as variáveis de configuração. O módulo foi construído com suporte para folhas de estilo Bio :: DAS, e configuração orientada para o estilo pode ser misturado com zoom semântico, se desired.You pode adicionar uma chave para a imagem gerada usando um dos dois estilos principais. Um estilo coloca as legendas chave no topo de cada faixa. O outro estilo gera uma chave gráfica na parte inferior da image.Note que este módulo depende GD. A saída SVG opcional depende GD :: SVG e SVG.Requirements: · Requisitos Perl: · Perl.

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