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Bio :: Glifics :: Glyph :: Segmentos é um módulo Perl que conatina o glifo 'segmentos'. Bio :: Glifics :: Glyph :: Seegments é um módulo Perl que conatina os "segmentos" glyph.synopsis, consulte L e L .Este Glyph é usado para desenhar recursos que consistem em segmentos descontínuos. Ao contrário de "graded_ments" ou "alinhamento", os segmentos são uma cor uniforme e não dependem da pontuação do módulo segmento.MethodsThis substituem o método MaxDepth () para retornar 1, a menos que seja especificado explicitamente pela opção -maxdepth. Isso significa que os módulos herdados dos segmentos só serão apresentados com um nível de subfeatures. Substituir o método MAXDEPTH () para obter mais níveis.Options As seguintes opções são padrão entre todos os glifos. Veja Bio :: Glifos :: Glyph para uma explicação completa. Opção Descrição Padrão ------ ---------------- -FGColor Primeiro plano Cor Preto -OutinoColor Sinônimo Para -FGColor -BgColor Background Color Turquoise -Flolor Sinônimo Para -BGColor - Largura de linha de linewidth 1 - Altura do cinto de glifo 10 -Font Glifo Fonte GdsmallFont -Conector Conector Tipo 0 (Falso) -Conector_Color Conector Color Black -Label Se para desenhar uma etiqueta 0 (FALSE) -Description Se deve desenhar uma descrição 0 (False) -Strand_Arrow Seja para indicar 0 (False) Strandedness -Hilite Realite Color Undef (sem cor) Além disso, as seguintes opções específicas do glifo são reconhecidas: -draw_dna Se true, desenhe os resíduos de DNA 0 (FALSE) quando o nível de ampliação permitir. -Draw_Target Se true, desenhe os resíduos de DNA 0 (FALSE) da sequência de destino quando o nível de ampliação permitir. Consulte "Exibindo alinhamentos". -Draw_ProteIn_Target Se true, desenhe os resíduos de proteína 0 (FALSE) da sequência de destino quando o nível de ampliação permitir. Consulte "Exibindo alinhamentos". -ragged_extra Quando combinado com -Draw_Target, 0 (falso) desenhe bases extras além do final do alinhamento. O valor é o número máximo de bases extras. Consulte "Exibindo alinhamentos". -ragged_start opção deprecada. Use -ragged_extra em vez de -show_mismatch quando combinado com -draw_target, 0 (falso) destaca bases incompatíveis na cor de incompatibilidade. Consulte "Exibindo alinhamentos". -Mismatch_Color A cor da incompatibilidade para usar 'LightGrey' -True_Target Mostrar o DNA de destino em sua orientação nativa 0 (FALSE) (FALSE STRAD), mesmo que o alinhamento seja para o menos strand. Consulte "Exibindo alinhamentos". -Realign Tentativa de realinhar sequências em 0 (falso) High Mag para contabilizar os indis. Consulte "Exibindo alinhamentos". Se o sinalizador -draw_dna estiver definido como um valor verdadeiro, quando a ampliação é alta o suficiente, a seqüência de DNA subjacente será mostrada. Esta opção é mutuamente exclusiva com -draw_Target. Veja Bio :: Glifo :: Genéricos para mais detalhes.Os opções -Draw_Target, -ragged_extra e -show_mismatch só funcionam com SEQFeatures que implementam o método Hit (Bio :: Seqfeature :: Similariedade). -Draw_Target fará com que o DNA da sequência de hit seja exibido quando a ampliação é alta o suficiente para permitir que bases individuais sejam desenhadas. A opção -ragged_extra fará com que o alinhamento seja estendido nas extremidades extremas pelo número indicado de bases e é útil para procurar por locais de polia e clonagem nas extremidades dos ESTs e CDNAs. -show_mismatch fará com que as bases incompatíveis sejam destacadas com a cor indicada por -mismatch_Color (padrão de luz padrão). At Altas ampliações, Minus Strand correspondências serão automaticamente mostradas como seu complemento reverso (para que a correspondência tenha a mesma sequência que a sequência mais do DNA de origem). Se você preferir ver a seqüência real do destino, pois aparece no menos strand, set -true_target para true.note que -true_target tem o significado oposto de -canonical_strand, que é usado em conjunto com -draw_dna para desenhar menos strand características como se aparecessem no plus strand. Requisitos: · Perl.

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