Bio :: Graphics :: Browser :: Plugin uma classe base para plugins gbowse
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Bio :: Graphics :: Browser :: Plugin Classificação e resumo

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Módulo Perl. perl gráficos plug-ins de navegação gbowse

Bio :: Graphics :: Browser :: Plugin Descrição

Uma classe base para plugins gbowse Bio :: Graphics :: Browser :: Plugin é um módulo Perl para plugins gbowse.synopsis Package Bio :: Graphics :: Browser :: Plugin :: Myplugin; Use Bio :: Graphics :: Browser :: Plugin; Use CGI ': Standard'; @Isa = 'Bio :: Graphics :: Browser :: Plugin'; # chamado por gbowse para retornar o nome do plugin para o submenu do menu pop-up {'plugin de exemplo'} # chamado por gbowse para retornar o verbo descritivo para o menu pop-up sub verb {'demonstrar'} # chamado por gbowse para retornar descrição da descrição do plugin {'Este é um exemplo plugin'} # chamado por gbowse para retornar o tipo de sub-plugin sub tipo {'anotador'} # chamado por gbowse para configurar configurações padrão para sub-configuração do plugin {my $ self = shift; return {foo => $ value1, bar => $ value2}} # chamado por gbowse para reconfigurar as configurações de plugin com base em parâmetros de CGI sub reconfigurar {my $ self = shift; minha atual atual = $> Configuração; $ atual -> {foo} = $ self-> config_param ('foo'); $ atual -> {bar} = $ self-> config_param ('bar'); } # chamado por gbowse para criar um fragmento para alterar as configurações Sub Configure_Form {My $ self = shift; minha atual atual = $> Configuração; Minha $ Form = TextField (-Name => $ Self-> Config_name ('foo'), -Value => $ Corrent -> {foo}). TextField (-Name => $ self-> Config_name ('bar'), -Value => $ Corrent -> {bar}); retornar $ formulário; } # chamado por gbrowse para anotar o DNA, apresentação de retorno sub anotar {my $ self = shift; meu (segmento $, $ coordinate_mapper) = @_; minha configuração de $ config = $ >>; meu recurso $_list = $ auto-> new_feature_list; $ feature_list-> add_type ('my_type' => {glifo => 'genérico', tecla => 'meu tipo', bgcolor => 'verde', link => 'http://www.google.com/search? Q = $ NAME '}); # Faça algo com o segmento de seqüência minhas @Features = do_something (); $ feature_list-> Add_Feature ($ _ => 'my_type') foreach @features; return $ recurso_list; } Esta é a classe base para plugins genômicos do navegador genoma. Os plugins são arquivos perl .pm armazenados no diretório gbowse.conf / plugins. Requisitos: · Perl.

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