Bio :: Ferramentas :: Run :: Primer3 Criar entrada para e trabalhar com a saída do programa Primer3
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Módulo Perl. perl saída Programa Primer3. saída primer3. Primer3.

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Criar entrada para e trabalhar com a saída do programa Primer3 Bio :: Ferramentas :: Run :: Primer3 é um módulo Perl para criar entrada para e trabalhar com a saída do programa Primer3.synopsisbio :: ferramentas :: primer3 cria os arquivos de entrada necessários para projetar primers usando o Primer3 e fornece mecanismos para acessar Dados nos arquivos de saída Primer3.Este módulo fornece uma interface bioperl no Primer3 do programa. Consulte http://frodo.wi.mit.edu/primer3/primer3_code.html para obter detalhes e para baixar o software. Este módulo deve funcionar para a Liberação Primer31, mas não é garantido para trabalhar com versões anteriores. # projetar alguns primers. # A saída será colocada em temp.out use Bio :: Tools :: Run :: Primer3; Use Bio :: Seqio; Meu $ SEQIO = Bio :: Seqio-> Novo (-File => 'Data / DNA1.FA'); Meu $ SEQ = $ SEQIO-> NEXT_SEQ; My $ Primer3 = Bio :: Ferramentas :: Executar :: Primer3-> Novo (-seq => $ SEQ, -UTFILE => "temp.out", -Path => "/ usr / bin / primer3_core"); # ou após o fato de poder alterar o programa_name $ Primer3-> programa_name ('my_suprefast_primer3'); A menos que ($ Primer3-> Executável) {Imprimir Stderr "Primer3 não pode ser encontrado. Está instalado? "; saída (-1)} # Quais são os argumentos, e o que eles significam? Meus $ ARGS = $ Primer3-> Argumentos; Imprimir" Significado de Argumento "; foreach minha chave $ (keys% {$ args}) {imprimir" $ tecla ", $$ args {$ Key}," "} # Defina o TM máximo e mínimo do Primer $ Primer3-> Add_Targets ('Primer_Min_TM' => 56, 'Primer_Max_TM' => 90); # projetar os primers. Isso executa o Primer3 e retorna um # Bio :: Tools: : Executar :: Primer3 Object com os resultados $ Results = $ Primer3-> Executar; # Veja as Bio :: Ferramentas :: Run :: Primer3 pod para # coisas que você pode obter com isso. Por exemplo: Imprimir "Houve" $ Resultados-> Number_of_Results, "Primers "; Bio :: Ferramentas :: Run :: O primer3 Cria os arquivos de entrada necessários para projetar iniciadores usando o Primer3 e fornece mecanismos para acessar dados nos arquivos de saída Primer3.Este módulo fornece uma interface bioperl para o programa Primer3. Veja http: // www-genome.wi.mit.edu/genome_software/other/primer3.html para obter detalhes e para baixar o software.developer commentsThis módulo é baseado em um escrito por Chad Matsalla. Eu rasguei alguns de seu código e acrescentei um monte de meu próprio. Requisitos: · Perl.

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