Bio :: Ferramentas :: Ipcress Bio :: tools :: ipcress é um módulo Perl que pode analisar a saída do IPCRESS e fazer recursos.
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Módulo Perl. perl classe bio Parser do IPCRESS. ferramentas de IPCRESS.

Bio :: Ferramentas :: Ipcress Descrição

Bio :: Tools :: O IPCRESS é um módulo Perl que pode analisar a saída do IPCRESS e fazer recursos. Bio :: Ferramentas :: ipcress é um módulo Perl que pode analisar a saída do IPCRESS e tornar os recursos.synopsis # um simples invólucro de pipeline de anotação para dados do IPCRESS # Assumindo que os dados do IPCRESS já estão gerados no arquivo SEQ1.PCRESS. Em arquivo chamado seq1.fa use bio :: ferramentas :: ipcress; Use Bio :: Seqio; Meu $ parser = New Bio :: Tools :: ipcress (-File => 'seq1.ipcress'); Meu $ Seqio = New Bio :: Seqio (-Format => 'FASTA', -File => 'seq1.fa'); Meu $ SEQ = $ SEQIO-> NEXT_SEQ || morrer ("não pode obter um objeto SEQ de Seqio"); while (my $ feat = $ parser-> next_feature) {# Adicionar anotação do IPCRESS a uma sequência $ SEQ-> add_seqfeature ($ feat); } Meu $ Seqout = New Bio :: Seqio (-Format => 'EMBL'); $ seqout-> write_seq ($ SEQ); este objeto serve como um analisador para dados do IPCRESS, criando um bio :: seqfeaturei para cada hit do IPCRESS. Estes podem ser processados ou adicionados como anotação a um objeto Bio :: Seqi para fins de anotação automatizada. Este módulo é adaptado da Bio :: Ferramentas :: Módulo EPCR escrito por Jason Stajich (jason-at-bioperl.org) .PCRESS ESTÁ DISPONÍVEL através do pacote Exonerate do Guy Slater http://www.ebi.ac.uk/~guy/exonerate/ Requisitos: · Perl.

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