Bio :: Ferramentas :: Executar :: Piswework Bio :: Ferramentas :: Executar :: PisweworkFlow é uma classe para criar um fluxo de trabalho da peste usando objetos do aplicativo PISE como métodos.
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Bio :: Ferramentas :: Executar :: Piswework Descrição

Bio :: Ferramentas :: Executar :: PisweworkFlow é uma classe para criar um fluxo de trabalho da peste usando objetos do PISE Application como métodos. Bio :: Ferramentas :: Executar :: PisweworkFlow é uma classe para criar um fluxo de trabalho da peste usando objetos do PISE Application como métodos. Um fluxo de trabalho é definido por um conjunto de métodos que todos instanciam a classe PiSeApplication.synopsis # primeiro, crie um Bio :: Ferramentas :: Executar :: AnalysISfactory :: Pise Object: My $ Factory = New Bio :: Ferramentas :: Executar: : Analisentário :: pise (); # Em seguida, crie os objetos do aplicativo (PISE :: Executar :: Ferramentas :: PisApplication): Meu $ Clustalw = $ Factory-> Programa ('Clustalw'); $ clustalw-> infile ($ my_alignment_file); Meus $ ProtPars = $ Factory-> Program ('ProtPars'); # Você pode especificar servidores diferentes para aplicativos diferentes: meu $ protdist = $ fábrica-> programa ('ProtPars' -remote => 'http://kun.homelinux.com/cgi-bin/pise/5.a//protpars .pl ', -Email =>' your_eleil '); # Criar um novo objeto de fluxo de trabalho: My $ Workflow = Bio :: Ferramentas :: Executar :: Pisethewlow-> Novo (); # Defina os métodos do fluxo de trabalho usando os objetos do aplicativo: # O método de aplicativo $ ProtPars receberá a saída de # tipo 'readseq_ok_alig' do método de aplicativo $ clustalw. $ fluxo de trabalho-> addpipe (-method => $ clustalw, -tomethod => $ proteps, -pipetype => 'readseq_ok_alig'); # O método de aplicativo $ Clustalw será canalizado para um segundo método de aplicativo # ($ protdist) usando a saída do tipo 'readseq_ok_alig'. $ fluxo de trabalho-> addpipe (-method => $ clustalw, -Tomethod => $ Protdist, -Pipetype => 'readsq_ok_alig'); # O método de aplicativo $ ProtPars será canalizado para o aplicativo # Método $ Consenso usando a saída do tipo 'filip_tree'. meu US $ consenso = $ fábrica-> programa ('Consenso'); $ fluxo de trabalho-> Addpipe (-Method => $ ProtPars, -Tomethod => $ Consenso, -Pipetype => 'phylip_tree'); # Execute o fluxo de trabalho. $ fluxo de trabalho-> correr (); Requisitos: · Perl.

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