Bio :: Ferramentas :: Corra :: Tribemcl Bio :: Ferramentas :: Executar :: Tribemcl é um método para proteínas de agrupamento em grupos relacionados, que são denominados 'famílias proteínas'.
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Módulo Perl. Agrupamento proteínas de agrupamento famílias de proteína proteínas

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Bio :: Ferramentas :: Executar :: Tribemcl é um método para agrupamento de proteínas em grupos relacionados, que são denominados 'famílias proteínas'. Bio :: Ferramentas :: Executar :: TRIBEMCL é um método para proteínas de agrupamento em grupos relacionados, que são denominados 'Famílias Proteína'.Synopsis usam Bio :: Tools :: Run :: Tribemcl; Use Bio :: Searchio; # 3 Métodos para inserir os resultados da explosão # direto saída de explosão bruta (ncbi ou wu-blast) my @params = ('inputtype' => 'blastfile'); # Ou # marca de programa # ou # Protein_id1 protein_id2 evalue_magnitude Avale_factor # Por exemplo: # proteínas ensp00000257547 e ensp00000261659 # com uma pontuação de blasto avaliar de 1e-50 # e proteínas O42187 e ensp00000257547 # com uma pontuação de blasta avaliação da entrada 1E-119 # meu @Array = , ; meus @params = ('pares' => @ array, i => '2.0'); # Ou # passam em um objeto Searchio # mais lento dos métodos 3 como ele faz uma análise mais rígida # do que é necessário para nós aqui meu $ SiO = Bio :: Searchio-> Novo (-Format => 'Blast', -File => 'blast.out'); meu @params = ('InputYpe' => 'Searchio', i => '2.0'); # Você pode especificar o caminho para o executável manualmente da seguinte maneira minha @params = ('inputtype' => 'blastfile', i => '2.0', 'MCL' => '/ home / shawn / software / software 02-150 / src / shmcl / mcl ',' matriz '=>' / home / shawn / software / MCL-02-150 / src / contrib / tribo / tribo-matriz '); Meu $ FATT = BIO :: Ferramentas :: Executar :: Tribemcl-> Novo (@params); # Ou $ fatos-> matriz_executable ('/ home / shawn / software / MCL-02-150 / src / contrib / tribo / tribo-matriz'); $ FATT-> MCL_Executable ('/ Home / Shawn / Software / MCL-02-150 / SRC / SRC / MCL'); # Para executar o meu $ fatos = Bio :: Ferramentas :: Executar :: TribemCl-> Novo (@params); # Executar o programa # Retorna uma referência de matriz a clusters onde os membros são os IDs # por exemplo: 2 clusters com 3 membros por cluster: # $ fam = , ] # passe no Caminho Blastfile / Searchio Obj / A matriz Ref para pontuações Meu $ FAM = $ FATT-> RUN ($ SIO); # imprima seus clusters para (meus $ i = 0; $ i }). "Membrosn"; foreach meu membro $ (@ {$ fam -> }) {imprimir "t $ mn"; }} Este agrupamento é alcançado analisando padrões de similaridade entre proteínas em um determinado conjunto de dados, e usando esses padrões para atribuir proteínas em grupos relacionados. Em muitos casos, as proteínas na mesma família de proteínas terão propriedades funcionais semelhantes. O que é novo nesta versão: · Perl

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