Bio :: Ferramentas :: Codontable Bio :: Tools :: CODONTEBLE é um objeto de tabela de códon bioperl.
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tabela Objeto Perl. Módulo BioPerl. Tabela de códon bioperl. códon

Bio :: Ferramentas :: Codontable Descrição

Bio :: Ferramentas :: CodonTable é um BioPerl códon objeto de tabela. Bio :: Ferramentas :: CodonTable é uma tabela BioPerl códon object.SYNOPSIS # Esta é uma classe só de leitura para todos conhecidos códon tabelas. As identificações são # os utilizados por bases de dados de sequências de nucleótidos. Todos os códigos IUPAC # ambiguidade comuns para ADN, ARN e animo ácidos são reconhecidos. # Usar uso Bio :: Ferramentas :: CodonTable; # Padrões para ID 1 "Standard" $ myCodonTable = Bio :: Ferramentas :: CodonTable-> new (); $ MyCodonTable2 = Bio :: Ferramentas :: CodonTable -> new (-id => 3); # Mesa códon mudança $ myCodonTable-> id (5); # Examinar impressão mesa códon juntar-se ('', "O nome da tabela de códon não.", $ MyCodonTable-> id (4), "é:", $ myCodonTable-> name (), "n"); # Traduzir um códon $ aa = $ myCodonTable-> translate ( 'ACU'); $ Aa = $ myCodonTable-> translate ( 'ato'); $ Aa = $ myCodonTable-> translate ( 'ytr'); # Traduzir reversa um amino ácido @codons = $ myCodonTable-> revtranslate ( 'A'); @codons = $ myCodonTable-> revtranslate ( 'Ser'); @codons = $ myCodonTable-> revtranslate ( 'Glx'); @codons = $ myCodonTable-> revtranslate ( 'Cys', 'rna'); testes #boolean imprimir "é um startn" if $ myCodonTable-> is_start_codon ( 'ATG'); imprimir "é um termianatorn" if $ myCodonTable-> is_ter_codon ( 'tar'); imprimir "é um Unknownn" if $ myCodonTable-> is_unknown_codon ( 'JTG'); tabelas Codon também são chamados de tabelas de tradução ou códigos genéticos que é o que eles tentam representar. imagem um pouco mais completa de toda a complexidade da utilização de codões em diferentes grupos taxonómicos apresentados nos códigos genéticos NCBI Início page.CodonTable é uma classe BioPerl que conhece todas as tabelas de conversão de corrente que são utilizados por bases de dados de sequências de nucleótidos primário (GenBank, EMBL e DDBJ ). Ele fornece métodos para a informação de saída sobre mesas e relações entre os códons e amino classe acids.This e seus métodos reconhecidos todos os códigos comuns ambiguidade da IUPAC para ADN, ARN e animo ácidos. O método de conversão segue as convenções em EMBL e TREMBL databases.It é um incómodo para separar RNA e cDNA representações de transcritos de ácidos nucleicos. O objecto CodonTable aceita codões de ambos os tipos como entrada e permite ao utilizador definir o modo para a saída quando traduzindo inversa. Seu padrão para a saída é DNA.Note: Esta classe lida principalmente com códons individuais e aminoácidos. No entanto, no interesse da velocidade que você pode traduzir mais seqüência, também. A complexidade da tradução da proteína é abordado por Bio :: PrimarySeqI :: traduzir. Requisitos: · Perl.

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