Bio :: Das. Interface para sistema de anotação distribuído
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Bio :: Das. Classificação e resumo

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Módulo Perl. interface perl DAS Sistema de anotação distribuído DAS Interface.

Bio :: Das. Descrição

Interface para sistema de anotação distribuído Bio :: DAS é um módulo Perl que fornece acesso a bases de dados de sequenciamento e anotação do genoma que exportam seus dados na versão 1.5 do formato do sistema de anotação distribuída (DAS). Este sistema é descrito em http://biodas.org. Ambos os servidores não criptografados (http :) e ssl-criptografados (HTTPS :) são suportados. (Para executar o SSL, você precisará de IO :: Socket :: SSL e Net :: SSLeay instalado) .Synopsis Use Bio :: Das; # API serial My $ Das = Bio :: Das-> Novo (-Source => 'http://www.wormbase.org/db/das', -dsn => 'elegans', -agregators => ); meu segmento de $ = $ DAS-> segmento ('Chr1'); Meus @Features = $ segment-> Recursos; meu $ DNA = $ segmento-> DNA; # Paralelo API # Crie um novo agente DAS com um tempo limite de 5 segundos My $ DAS = Bio :: Das-> Novo (5); # Fetch Recursos da WormBase Live and Development Servidores que abrangem dois segmentos no cromossomo eu meu @request = $ DAS-> Recursos (-DSN => , -Secment => ); Para o meu pedido de $ (@REQUEST) {if ($ pedido-> is_success) {print " Resposta de "Solicitação de $-> DSN" "; Meus resultados de $ = $ Solicitação-> Resultados; para o meu segmento $ (Keys% $ Results) {myFeatures = @ {$ Results -> {$ segment}}; Imprimir" ", junte-se '', @recursos," ";}} else {#Error warn $ solicite-> dsn,": ", $ pedido-> erro" ";}} # Mesma coisa, mas usando um retorno de chamada: $ DAS-> Recursos (-dsn => , -Secment => , -Callback => Sub {My $ recurso = Shift; meu segmento $ = $ recurso-> segmento; meu ($ start, $ end) = ($ recurso-> start, $ recurso-> end); imprimir "$ segment => $ recurso ($ start, $ end) ";}); Requisitos: · Perl.

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