Bio :: DB :: Seqfeature :: Loja :: GFF3Loader Bio :: DB :: SEQFeature :: Loja :: GFF3Loader é um carregador de arquivos GFF3 para Bio :: DB :: Seqfeature :: Loja.
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Bio :: DB :: Seqfeature :: Loja :: GFF3Loader Classificação e resumo

Bio :: DB :: Seqfeature :: Loja :: GFF3Loader Tag

Módulo Perl. Carregador Carregador GFF3. GFF3

Bio :: DB :: Seqfeature :: Loja :: GFF3Loader Descrição

BIO :: DB :: SEQFEATURE :: Loja :: GFF3Loader é um carregador de arquivo gff3 para bio :: db :: seqfeature :: loja. Bio :: Seqfeature :: Loja :: GFF3Loader é um carregador de arquivo gff3 para bio :: db :: seqfeature :: loja.synopsis use bio :: db :: seqfeature :: loja; # Abra o banco de dados de sequência Meu $ db = bio :: db :: seqfeature :: Loja-> Novo (-Adoptor => 'dbi :: mysql', -dsn => 'dbi: mysql: teste', -write => 1); Meu $ loader = bio :: db :: seqfeature :: loja :: gff3loader-> novo (-store => $ db, -verbose => 1, -fast => 1); $ loader-> carregar ('./ my_genome.gff3'); o bio :: steqfeature :: steqfeature :: gff3Loader parsers de objeto GFF3-format sequence arquivos de anotação e cargas bio :: db :: seqfeature :: loja bancos de dados . Para certas combinações de classes de SEQfeature e bancos de dados SEQFEATURE :: Lojas apresenta um modo de "carga rápida", que acelerará muito o carregamento de bancos de dados GFF3 por um fator de 5-10. O formato de arquivo GFF3 foi estendido muito ligeiramente para accomodar Bio: : Db :: seqfeature :: loja. Primeiro, o carregador reconhece é uma nova diretiva: # # Subfactures de índice Observe que você pode colocar um espaço entre os dois #'s para evitar que os validadores GFF3 reclamam. Se isso for verdadeiro, então os subfeatures são indexado (o padrão) para que eles possam ser recuperados com uma consulta. Veja Bio :: DB :: Seqfeature :: Loja para uma explicação disso. Se falso, então os subfeatures só podem ser acessados através do recurso pai. O padrão é indexar todos os subfreatures.Segundo, o carregador reconhece uma nova tag de atributo chamada Índice, que se presente, controla a indexação do recurso atual. Exemplo: CTG123. Tf_binding_site 10001012. +. ID = TFBS00001; Índice = 1Você pode usar isto para ligar e desligar a indexação, substituindo o padrão para um recurso específico.New title: novo uso: $ loader = bio :: db :: seqfeature :: loja :: gff3loader-> novo (@Options) Função: Crie um novo analisador retornos: um bio :: steqfeature :: Soper :: GFF3Loader GFF3 Parser e carregador Args: Vários - veja abaixo do status: Publicthis Método Cria um novo carregador GFF3 e estabelece sua conexão com Um banco de dados Bio :: DB :: Seqfeature :: Store. Argumentos são -Name => $ Value pares conforme descrito nesta tabela: Valor Nome ---- ----- -store Um biografia gravável :: db :: seqfeature :: Loja manípulo do banco de dados. -SEQFeature_Class O nome do objeto do tipo de Bio :: SeqFeaturei Objeto para criar e armazenar no banco de dados (bio :: seqfeature por padrão) -sf_class Um alias mais curto para -seqfeature_class -verbose Enviar informações de progresso ao erro padrão. -Fast se true, ative o carregamento rápido (veja abaixo) -Chunk_size Defina o tamanho do pedaço de armazenamento para seqüências de nucleotídeo / proteína (padrão de 2000 bytes) -tmp indicam um diretório temporário para usar ao carregar recursos não normalizados. Requisitos de Perl: · Perl.

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