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Bio :: DB :: Seqfeature :: Loja :: BDB Classificação e resumo

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Bio :: DB :: Seqfeature :: Loja :: BDB Descrição

Bio :: DB :: Seqfeature :: Loja :: BDB pode buscar e armazenar objetos de um berkeleydb. BIO :: SEQFeature :: Loja :: BDB pode buscar e armazenar objetos de um berkeleydb.bioperl é um pacote de ferramentas de perl do domínio público para biologia molecular computacional. Todos os módulos estão no BIO / namespace, · Perl é para novatos e fornece uma interface funcional às partes principais do pacote · SEQ é para seqüências (proteína e DNA). · Bio :: principalseq é uma sequência simples (sequence dados + identificadores) · Bio :: SEQ é um primário BIO :: ANOTAÇÃO :: Coleção e um Bio :: Seqfeaturei Objetos anexados. · Bio :: Seq :: richseq é todo o acima, mais tem slots para informações extras específicas para arquivos genbank / embl / swissprot. · Bio :: SEQ :: Largeseq é para sequências que são muito grandes para encaixar na memória. · Seqio é para seqüências de leitura e escrita, é um módulo front-end para módulos de driver separados que suportam os diferentes formatos de seqüência · seqfeature · Anotações de início / strand / strand / stop / strand · Bio :: Seqfeature :: Genérico é Basic catchall · bio :: seqfeature :: semelhança uma sequência de semelhança f Comido · Bio :: Seqfeature :: SheetPair Um recurso de sequência que é emparelhamento como consulta / pares de visita · Searkio é para leitura e redação de relatórios de alinhamento em pares como blast ou festa · busca é onde os objetos de alinhamento são definidos · Bio :: Pesquisar: : Resultado :: GenericResult é o objeto de resultado (uma consulta de explosão é um objeto de resultado) · Bio :: Pesquisar :: hit :: genericit é o objeto de sucesso (uma consulta terá 0-> muitos hits em um banco de dados) · Bio: : Search :: HSP :: GenericSp é o objeto de par de alto segmento de pontuação definindo o (s) alinhamento (s) da consulta e acertar. · SimpleAlEnige é para alinhamentos de múltiplas sequências · A Alignio é para ler e escrever vários formatos de alinhamento de seqüência · A montagem fornece o início de uma infraestrutura para conjuntos e montagem :: io io conversores para eles · db é o namespace para todos os objetos de consulta de banco de dados · Bio :: DB :: genbank / genpept são dois módulos que consulta NCBI Entrez para sequências · Bio :: DB :: SwissProt / SwissProt / Embl Repositórios emblema e SwissProt para seqüências · Bio :: DB :: O GFS é rápido, leve, Lincoln Stein Recurso e banco de dados de sequência que é o back-end para o seu sistema GBrowse (consulte www.gmod.org) · Bio :: DB :: Flat é uma rápida implementação do sistema de indexação de arquivos ABDA (cross-Language e plataforma cruzada suportada por O | B | F Projetos Consulte http://obda.open-bio.org). · Bio :: db :: biofetch / dbfetch para OBDA, Web (http) Acesso a bancos de dados remotos. · Bio :: db :: inmemorycache / Filecache (cache local rápido de sequências do DBS remoto para acelerar o seu acesso). · Bio :: DB :: DB :: Registry Interface para a especificação OBDA para fontes de dados remotos · Bio :: DB :: XEMBL Acesso ao sabão para bases de dados de sequência · Bio :: db :: biblio para acesso a bancos de dados bibliográficos remotos. · Coleção de anotação de anotação Objetos (Comentários, DBLinks, Referências e Pares Discos / Valor) · Coordenadas é um sistema para mapeamento entre diferentes sistemas de coordenadas, como DNA para proteína ou entre assemblies. · Índice é para flatfiles indexados localmente com BerkeleyDB · Ferramentas contém muitos analisadores e função para diferentes necessidades de bioinformática · analisador de previsão genética (Gensco, MZEF, Graal, Genemark) · Formato de anotação (GFF) · Simular Corte da Enzima de Restrição com RestriçãoConzima · Enumerar Tabelas Codon e Símbolos de Sequências Válidas (Codontable, IUPAC) · Análise do Programa Filogenético Paml, Molphy, Phylip) · Mapa Representações genéticas e físicas do mapa · Gráficos Renda uma sequência com suas características ou um resultado de análise de sequência. · Estrutura · Analisar e representar estruturas de proteína E Data · Treeio é para leitura e escrita Formatos de árvore · Árvore é o namespace para todos os objetos de árvores associados · Bio :: Árvore :: Árvore é o objeto básico da árvore · Bio :: Árvore :: Nó são os nós que compõem o Árvore · Bio :: Statistics :: Statistics é para estatísticas de computação para uma árvore · Bio :: Árvore :: treefunctionsi é onde as funções de árvore específicas são implementadas (como IS_Monophyletic e LCA) · Bio :: Biblio é onde dados bibliográficos e objetos de acesso a banco de dados são mantidos · A variação representam sequências com mutações e variações aplicadas para que se possa comparar e representar versões de tipo selvagem e mutação de uma seqüência. · Root, objetos básicos para os internatos de bioperlrequirements: · Requisitos de Perl: · Perl.

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