Bio :: Alignio. Bio :: Alignio é um manipulador para os formatos de Alignio.
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Bio :: Alignio. Classificação e resumo

Bio :: Alignio. Tag

Módulo Perl. perl manipulador Manipulador de alinhamento. Bio Alignio. AlignIO

Bio :: Alignio. Descrição

Bio :: Alignio é um manipulador para os formatos de Alignio. Bio :: Alignio é um manipulador para o Alignio Formats.synopsis Use Bio :: Alignio; $ inputfilename = "testaln.faste"; $ in = Bio :: Alignio-> Novo (-File => $ InputFileName, '-Format' => 'FASTA'); $ Out = Bio :: Alignio-> Novo (-File => "> Out.aln.pfam", '-Format' => 'pfam'); # Nota: Nós citamos - format para manter os perl mais antigos de reclamar. enquanto (meu $ ALN = $ in-> next_aln ()) {$ out-> write_aln ($ ALN); } # ou use bio :: alignio; $ inputfilename = "testaln.faste"; $ in = Bio :: Alignio-> Newfh (-File => $ inputfilename, '-Format' => 'FASTA'); $ Out = Bio :: Alignio-> newfh ('- formato' => 'pfam'); # O mais curto do mundo Fastapfam Format Format Conversor: Imprimir $ Out $ _ enquanto; Bio :: Alignio é um módulo de manipulador para os formatos no conjunto de alinhamento (por exemplo, Bio :: Alignio :: FASTA). É a maneira oficialmente sancionada de conseguir nos objetos de alinhamento, que a maioria das pessoas deve usar. O alinhamento resultante é um objeto Bio :: Alinhar :: Aligni compatível. Veja Bio :: Alinhar :: Aligni para mais informações. A ideia é que você solicite um objeto de fluxo para um formato específico. Todos os objetos de fluxo têm uma noção de um arquivo interno que é lido ou escrito. Uma determinada instância de objeto Alignio é configurada para entrada ou saída. Um exemplo específico de um objeto de fluxo é o objeto Bio :: Alignio :: Fasta Object.each Stream Object tem funções $ stream-> next_aln (); e $ stream-> write_aln ($ ALN); também $ stream-> tipo () # Retorna 'Entrada' ou 'Saída'As um bônus adicional, você pode recuperar um filehandle que está ligado ao objeto Alignio, permitindo que você use as operações padrão e impresso para ler e gravar objetos de sequência: use bio :: alignio; # Leia da entrada padrão $ stream = bio :: alignio-> newfh (-Format => 'fASTA'); enquanto ($ ALN =) {# Faça algo com $ ALN} e imprima $ stream $ ALN; # Quando o fluxo está na saída Modethis faz o mais simples reformatante #! / usr / local / bin / perl $ Format1 = Shift; $ Format2 = Shift || Die "Uso: Reformat Format1 Format2 Saída"; Use Bio :: Alignio; $ in = Bio :: Alignio-> newfh (-Format => $ Format1); $ Out = Bio :: Alignio-> Newfh (-Format => $ Format2); # Observação: você pode querer citar -format para manter # mais velho Perl de reclamar. Imprimir $ Out $ _ enquanto <$ in>; alignio.pm é estampado no módulo seqio.pm e compartilha a maioria dos recursos do seqio.pm. Uma diferença significativa é atualmente que o Alignio.pm geralmente manipula io por apenas um único alinhamento de cada vez (o seqio.pm manipula io para múltiplas sequências em um único fluxo.) O principal motivo para isso é que, ao passo que simultaneamente lidar com múltiplas seqüências. Requisito, o manuseio simultâneo de vários alinhamentos não é. A única exceção atual é o formato "BL2SEQ", que analisa os resultados do programa Blast Bl2SEQ e que podem produzir vários pares de alinhamento. Este conjunto de pares de alinhamento pode ser lido usando várias chamadas para Next_Aln.Capability para IO para mais de um alinhamento múltiplo - além do formato BL2SQ - (que pode ser útil para determinados aplicativos, como IO para bibliotecas de PFAM) podem ser incluídos em o futuro. Por esta razão, mantemos o nome "Next_Aln ()" para a rotina de entrada de alinhamento, mesmo na maioria dos casos, apenas um alinhamento é lido (ou escrito) de cada vez e o nome "Read_Aln ()" pode ser mais apropriado. Requisitos: · Perl.

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