Bio :: Índice :: SwissProt Bio :: Index :: SwissProt é uma interface Perl para indexação (vários) SwissProt Arquivos (ou seja, formato plano SwissProt).
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Módulo Perl. interface perl Interface Perl. Formato SwissProt.

Bio :: Índice :: SwissProt Descrição

Bio :: Índice :: SwissProt é uma interface Perl para indexação (vários) arquivos SwissProt .dat (ou seja, formato swissprot do arquivo simples). Bio :: Índice :: SwissProt é uma interface Perl para indexação (vários) arquivos swissprot .dat (ou seja, formato plana SwissProt) .Synopsis # código completo para fazer um índice para vários arquivos # SwissProt use Bio :: Índice :: SwissProt; Use rigoroso; meu $ index_file_name = shift; Meu $ inx = Bio :: Índice :: SwissProt-> Novo ('- Filename' => $ index_file_name, '-Write_Flag' => 'Write'); $ inx-> make_index (@argv); # Imprima várias seqüências presentes no Índice # no formato GCG Use Bio :: Índice :: SwissProt; Use Bio :: Seqio; Use rigoroso; Minha $ Out = Bio :: Seqio-> Novo ('-Format' => 'GCG', '-FH' => * stdout); meu $ index_file_name = shift; Meu $ inx = Bio :: Índice :: SwissProt-> Novo ('- Nome do arquivo' => $ index_file_name); foreach meu ID $ (@Argv) {my $ SEQ = $ inx-> buscar ($ ID); # Retorna Bio :: SEQ Objeto $ Out-> Write_SEQ ($ SEQ); } # Alternativamente meu ($ ID, $ AC); Meu $ SEQ1 = $ inx-> get_seq_by_id ($ ID); Meu $ SEQ2 = $ inx-> get_seq_by_acc ($ acc); herda funções para gerenciar arquivos DBM do Bio :: Index :: Abstract.pm e fornece a funcionalidade básica para indexar arquivos SwissProt e recuperar a sequência deles. Fortemente sneffled do sistema FASTA de James Gilbert. Nota: Para obter os melhores resultados, use Strict'.Details na configuração e código de exemplo adicional estão disponíveis no arquivo BioDatabases.pod. Requisitos: · Perl.

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