Bio :: Índice :: FASTA

Bio :: index :: fastta é uma interface Perl para indexação (vários) arquivos FASTA.
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Bio :: Índice :: FASTA Classificação e resumo

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  • Perl Artistic License
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  • Nome do editor:
  • James Gilbert
  • Site do editor:
  • http://search.cpan.org/~birney/bioperl-1.4/Bio/Index/Fasta.pm

Bio :: Índice :: FASTA Tag


Bio :: Índice :: FASTA Descrição

Bio :: Index :: FASTA é uma interface Perl para indexação (vários) arquivos FASTA. Bio :: Index :: FASTA é uma interface Perl para indexação (múltipla) Fasta Files.Synopsis # código completo para fazer um índice para vários arquivos # FASTA use Bio :: Índice :: FASTA; Use rigoroso; meu $ index_file_name = shift; Meu $ inx = Bio :: Índice :: Fasta-> Novo ('-Filename' => $ index_file_name, '-Write_flag' => 1); $ inx-> make_index (@argv); # Imprima várias seqüências presentes no índice # no formato FASTA Use Bio :: Índice :: FASTA; Use rigoroso; meu $ index_file_name = shift; Meu $ inx = Bio :: Índice :: FASTA-> NOVO ('- FILENAME' => $ index_file_name); Minha $ Out = Bio :: Seqio-> Novo ('- Formato' => 'FASTA', '- FH' => * stdout); foreach meu ID $ (@Argv) {my $ SEQ = $ inx-> buscar ($ ID); # Retorna Bio :: SEQ Objeto $ Out-> Write_SEQ ($ SEQ); } # ou, alternativamente, meu ID $; meu $ SEQ = $ inx-> get_seq_by_id ($ ID); # Identical to Fetchinherits funções para gerenciar arquivos DBM da Bio :: Index :: Abstract.pm e fornece a funcionalidade básica para indexação de arquivos FASTA e recuperar a sequência deles. Para obter melhores resultados 'Strict'.bio :: FASTA :: FASTA suporta a interface BIO :: DB :: BIOSEQI, o que significa que ele pode ser usado como um banco de dados de sequência para outras partes do bioperdetails em configuração e código de exemplo adicional estão disponíveis no biodatabases.pod arquivo, scripts / índice / * pls e em btutorial.pl.note que por padrão a chave para a seqüência será a primeira string contínua após o cabeçalho '>' no cabeçalho FASTA. Se você quiser usar uma substring específica do cabeçalho FASTA, você deve usar o método ID_Parser (). Requisitos: · Perl.


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