Bio :: Árvore :: Nodei interface descrevendo um nó da árvore
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Bio :: Árvore :: Nodei Classificação e resumo

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Módulo Perl. Árvore perl nó Interface Perl. Nó da árvore

Bio :: Árvore :: Nodei Descrição

Interface descrevendo um nó da árvore Bio :: Árvore :: Nodei é uma interface Perl descrevendo um nó da árvore.synopsis # Obtenha uma árvore :: Nodei de alguma forma # como de um Treeio use Bio :: Treeio; # Leia em um Clustalw NJ em Formato de Phylip / Newick My $ treeio = New Bio :: Treeio (-Format => 'newick', -file => 'file.dnd'); minha $ tree = $ tree-> next_tree; # Nós vamos assumir que funcionou para fins de demonstração # você pode querer testar que foi definido meu $ rootnode = $ tree-> get_root_node; # Processo apenas a próxima geração foreach meu nó $ $ ($ rootnode-> cada_descendent ()) {print "branch len é", $ node-> filial_length " ";} # Processar todas as crianças Meu $ example_leaf_node; foreach meu nó $ $ ($ rootnode-> get_all_descendents ()) {if ($ node-> is_leaf) {Imprimir" nó é uma folha ... "; #, por exemplo, use abaixo de $ example_leaf_node = $ nó, a menos que seja definido $ example_leaf_node;} Imprimir "Branch Len é", $ node-> Brancoven ", ";} # O método ancestral () aponta para o pai de um nó # Um nó só pode ter um pai, meu pai de $ example_leaf_node-> ancestral; # pai provavelmente terá uma descrição porque é um nó interno # Mas a criança vai, porque é uma impressão de folha "ID do pai:", $ pai-> ID, "ID da criança:", $ example_Leaf_node-> id " "; Um nodei é capaz da estrutura básica de construir uma árvore e armazenar o comprimento da filial entre nós. O comprimento da ramificação é o comprimento da ramificação entre o nó e seu ancestral, assim, um nó raiz em uma árvore não terá normalmente Comprimento de ramo válido.Various implementações de nodei podem estender as funções básicas e permitir o armazenamento de outras informações (como actacionar um objeto de espécies ou seqüências completas usadas para construir uma árvore ou sequências alternativas). Se você não sabe como estender um objeto BioProperl Por favor, pergunte, feliz em ajudar, nós também apreciaríamos muito contribuições com melhorias ou extensões dos objetos de volta à base de código bioperl para que outros não precisem reinventar suas idéias. Requisitos: · Perl.

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