Asgard. Asgard é um software de reconstrução de via metabólico.
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Asgard. Classificação e resumo

Asgard. Tag

via metabólica Reconstrução de caminho Anotação da sequência biológica. metabólico caminho reconstrução

Asgard. Descrição

Asgard é um software de reconstrução de via metabólico. Asgard é um software de reconstrução de via metabólico, mas também gera outros tipos de anotação de sequência biológica (números de go, relatórios de explosão). A ASGARD Tool destina-se a ser executada em sistemas semelhantes ao UNIX e suporta SGE ou PBS.Asgard e sua documentação é liberada sob o GNU GPL V.3 e GNU FDL v. 1.2 (Por favor, veja docs / cópia e docs / doc_license para o Licenças). Embora o Emboss também é lançado sob a GPL, o código-fonte não está incluído no Asgard, já que os binários incluídos foram compilados sem modificação do original. Se você quiser o código-fonte do divisor, entre em contato comigo ou obtê-lo diretamente na distribuição de Emboss.Por favor, verifique o manual (DOC / ASG_MANALUAL.PDF) no diretório / doc para detalhes sobre como instalar e usar utilitários asgard e acompanhamento. : -V exibe a versão do programa e sai; -h Exibe esta mensagem de ajuda e saídas; este programa pode ser executado a partir com seqüências de DNA longas ou sequências de DNA ou proteína dimensionadas genéticas. -w Use esta opção se você tiver pequenas sequências para anotar - elas não serão divididas em seqüências menores para explosão. (padrão: seqüências longas) - o arquivo GFF não é criado, -g e -s são ignorados; -B fazer primeira explosão contra apenas DB geral e pare (sem reconstrução metabólica); -Q Início do segundo passo do pipeline (explosão contra o DB geral anteriormente feito); -z Só Último passo do pipeline (segundo, "reversa" já feito); obrigatório: -i arquivo festa com a (s) seqüência (s) que você deseja anotar; -P Blast Program para usar, um dos blastn, blastp, blastx, tblastn ou tblastx (consulte a documentação da explosão se você não souber qual deles usar); -d Base de dados de explosão a ser usada (gerada pelo formatdb, consulte Documentos de explosão; para reconstruções metabólicas, este banco de dados é idealmente derivado de SwissProt; para apenas a explosão geral, qualquer banco de dados fará); * -F arquivo com seqüências FASTA correspondentes ao banco de dados da explosão; -L localização de arquivos de mapeamento, necessários para o último passo de reconstrução (-z); opcional: -E e-valor a ser usado em buscas de explosão (padrão: 1e-6); -P Não envie trabalhos para programação de software (PBS / SGE); -J Número máximo de acessos para retornar em cada busca de explosão (10); -m Formato de saída para resultados de explosão (válido somente para -b, padrão: 8); Tamanho -S para quebrar a sequência original, se você não estiver usando -w (500 bp); -n Número de nós para usar para explosão, primeira iteração (10); -A número de processadores por nó para usar para cada comando blast (1); -k Mantenha os arquivos intermediários (bases de dados e resultados do blast), o padrão está excluindo-os - eles podem levar muito espaço. -B Quaisquer parâmetros adicionais que você deseja usar para a explosão, isso deve ser cercado por citações (duplo ou único), como "-f f" ou '-f f', por exemplo, ou a saída estará errada.

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