Ambiente de simulação de eletrofisiologia celular O ambiente de simulação de eletrofisiologia celular é um ambiente de simulação para eletrofisiologia.
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Ambiente de simulação de eletrofisiologia celular Classificação e resumo

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Ambiente de simulação de eletrofisiologia celular Descrição

O ambiente de simulação de eletrofisiologia celular é um ambiente de simulação para eletrofisiologia. Ambiente de simulação de eletrofisiologia de células (CESE) é um quadro abrangente especificamente projetado para realizar simulações eletrofisiológicas computacionais, por exemplo, simulações da atividade elétrica do miocitário cardíaco.Cell O ambiente de simulação de eletrofisiologia é útil para simulações de potenciais de ação, correntes iônicas individuais e mudanças nas concentrações iônicas .Cese é um programa de plataforma cruzada, ele é executado em qualquer sistema que tenha o ambiente de tempo de execução do Java (JRE) versão 1.4 ou superior. Foi testado no Windows, Linux, Solaris, MacOS X e Aix.cese, os usuários são um ambiente integrado para realizar simulações computacionais usando uma variedade de modelos eletrofisiológicos. Este estágio CESE permite a criação e a execução dos modelos de células únicas (contendo Hodgkin-Huxley (HH) e formulações atuais markovianas). Modelos de atividade elétrica de miócitos cardíacos com código fonte estão incluídos na distribuição de cese. Esperamos estender o número de modelos disponíveis e adicionar certos modelos neuronais no futuro. A principal força da CESE está em sua uniformidade Uma interface de programa permanece a mesma para diferentes tipos de modelos. Você pode alternar facilmente entre os modelos e comparar as saídas de simulação. Os parâmetros do modelo podem ser modificados, selecionados para saída e / ou preso da mesma forma, o Way Standard. Concese estende o significado eletrofisiológico convencional da "braçadeira de tensão". Você pode gravar praticamente qualquer variável modelo, incluindo tensão (potencial de membrana), correntes iônicas totais ou individuais, concentrações iônicas, temperatura, variáveis de porta-gating, etc. Os comandos de fixação podem ser funções complexas de peças, definidas individualmente para a variável modelo de interesse . Isso abre infinitas possibilidades para a exploração do comportamento modelo complexo.Cese fornece visualizações de dados simples, mas eficientes. Os resultados da simulação podem ser apresentados nos formulários gráficos e tabulados. As parcelas podem ser personalizadas e regiões de interesse zoom. Embora a CESE não tenha sido projetada para ser uma ferramenta de análise de dados, você pode gerar relações de tensão de corrente (I-vs) e calcular parâmetros estatísticos para um determinado sinal dentro do programa. Você pode exportar seus dados para o ASCII, arquivo de texto AXON (ATF) e formatos NetCDF para continuar a análise em seu pacote favorito.Cese Desenvelscese foi criado a partir do início para incorporar as melhores práticas de programação disponíveis para os desenvolvedores Java, tanto em termos de usuário Consistência de interface e clareza e reutilização. Sempre que possível, cese dependem da APIs Java disponíveis (por exemplo, Java2D, JavaBeans, JAXP) para simplificar a criação de código.Model requer que uma série de funções de manutenção de casa sejam codificadas Estes incluem integradores de ODE, rotinas para manuseio de parâmetros de modelo, economizando / Restaurando o estado do modelo, visualizando os resultados da simulação, etc. CESE fornece a implementação para essas rotinas, portanto, você pode se concentrar em escrever o código de corrente (s) concreta (s) iônica (s), e cese lidará com o resto. Estruturas de programação por conta própria Em vez disso, utiliza as APIs do Core Java. Por exemplo, os modelos são componentes Java em conformidade com a especificação JavaBeans. Usamos XML para especificar comandos de fixação e serialização do objeto Java para salvar / restaurar os parâmetros do modelo. O que é novo nesta versão: · Esta versão adiciona uma GUI para alterar os tipos de plotagem, melhora o desempenho e contém várias correntes importantes.

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