Alignaid Alignaid é um módulo Perl que executa facilmente os alinhamentos de seqüência localmente ou em um cluster.
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Alignaid Classificação e resumo

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Alignaid Descrição

O AlignAid é um módulo Perl que executa facilmente os alinhamentos de seqüência localmente ou em um cluster. O AlignAid é um módulo Perl que executa facilmente os alinhamentos de sequência localmente ou em um cluster.synopsis usam alignaid; # Criar um objeto AlignAid # um único trabalho de explosão localmente é o padrão my $ job = alignaid-> novo (db => 'my_blast_db', dir => $ dir, FASTA => 'my_query.fa', prog_args => 'V = 20 -Nonegok'); # Execute o trabalho no host atual My $ return_Value = $ job-> Enviar (Outfile => 'my_results.out'); # Criar um AlignAid Cross_Match Object # Especifique o programa de alinhamento e a fila para substituir os padrões My $ job2 = alignaid-> novo (programa => 'cross_match', db => 'my_db.fa', dir => $ dir, FASTA => 'my_query_seqs.fa', fila => 'lsf'); # Envie os trabalhos Cross_Match para uma fila LSF (de nós de computação) Meu $ return_value2 = $ job2-> enviar (Outfile => 'my_Output'); # Mate os trabalhos enfileirados My $ return_value3 = $ job2-> kill_all; alignaid é projetado para facilitar a execução do alinhamento de sequência blast e cross_match. O alignaid pode aceitar um grande número de seqüências de consulta. Se uma fila de cluster de computação, como LSF ou PBS, estiver disponível, o AlignAid pode dividir automaticamente as consultas em vários trabalhos de fila. No entanto, se você quiser executar os alinhamentos localmente em um único host, uma única mudança é necessária - Alignaid Cuidará de como invocar os programas de alinhamento e gerenciar a saída.Alignaid também tem suporte rudimentar para o controle de emprego da fila LSF; É possível matar empregos através da interface da Alignaid. O que é novo nesta versão: · Perl

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